バチルス菌の接種とスクロースの施肥で薬草ダイオウ(大黄)・ルバーブの成長が促進された

Gansu Gaolan Field Scientific Observation and Research Station for Agricultural Ecosystem, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences, Lanzhou 730000, Chinaらのグループは、バチルス菌の接種とスクロースの施肥で、フサリウム菌を抑制しつつ、大黄の成長が促進されることを示しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8835959/

植物成長促進微生物(PGPM)として機能する多くの細菌および真菌種が知られていますが、その中でもバチルス菌は、多様な方法で植物成長を促進できるものとして知られています。バチルス菌は、宿主植物の根にコロニーを形成し、シアン化水素(HCN)、キチナーゼ、およびシデロフォアなどの抗生物質を産生することによって害虫や病原体から植物を防御し、植物ホルモンであるインドール-3-酢酸(IAA)、スペルミジン、2,3-ブタンジオールなどのバイオ化合物を産生することによって植物の成長を促進します。

一般的に言って、土壌は炭素化合物の存在量が制限された状態であり、そのような条件下で活性状態にあるのは土壌細菌全体の5%未満にしかすぎません。炭素源、特に最も一般的なスクロースは、成長に必要な直接的なエネルギー源として細菌に影響を与える可能性があります。そこで、本研究においては、バチルス菌がスクロースなどの低分子炭素化合物の添加によってどのように反応し、PGPMとして根圏の生態系にどのような共効果を及ぼすかについて検討が行われました。

バチルス amyloliquefaciens EZ99接種における3種の濃度(LB = 1.0×105、MB = 1.0×106、およびHB = 1.0×107コロニー形成単位(CFU)/mL、3種のスクロース濃度(LS = 0.15、MS = 1.5、およびHS = 15 g/L)の組み合わせを用いて、大黄の成長と収量が比較されました。

HB処理は、コントロール(CK)と比較して大黄の成長(植物の長さ、樹冠の重さ、葉の長さ、葉の重さ)を増加させましたが、高濃度のスクロース処理(HS)との組み合わせでは逆に成長が抑制され、高濃度のスクロース(15 g/L)処理が、高濃度のバチルス菌接種(1.0×107 CFU/mL)による植物成長促進機能を抑制したことを示しています。そして更に、大黄の根の生重量は、LB + LSおよびLB + MS処理下で最も有意に促進されていました(下図参照)。

本実験で見られた特徴的な違いは次のようにまとめられます:

  • ルバーブの主成分である8種類のアントラキノンの蓄積量がぞれぞれの処理下で異なっていました。LB + LS処理において、高レベルのオーランチオオブツシン-6-O-グルコシドとトラクリソン-8-O-グルコシドの蓄積が見られ、トラクリソンとラッカイン酸Dのレベルが低下していました。LB処理のルバーブにおいては、2-アセトキシメチル-アントラキノンのみが蓄積していました。
  • LB + LS処理において、土壌養分の総含有量に有意な変化はありませんでしたが、土壌中でのカリウムと養分循環の生物学利用能を仲介する可能性のある総カリウムの含有量が大幅に増加していました。
  • 根圏細菌叢に関しては、スクロース添加はLS処理下においてほとんど影響を与えませんでしたが、LB + LS処理では、バチルス菌の接種によってその多様性に変化が見られました。
  • 真菌細菌叢に関しては、子嚢菌門とモルティエロ菌門が2つの最も豊富な門であり、真菌全体の相対的な存在量の92.5%以上を占めていました。最も豊富な子嚢菌門は、コントロールで最も濃縮されており(79.1%)、LB + LS処理で最も減少していました(71.6%)。属レベルでは、コントロールと比較して、最も優勢な真菌属であるフサリウムが減少し、2番目の優勢な真菌属であるモルティエラがすべての処理で増加しており、LB + LS処理で最も増加していました。

最も効果的に善玉菌を根圏に定着させる方法:推奨される接種法は、グラム陰性細菌とグラム陽性細菌でも違う

Department of Agronomy and Horticulture and Center for Plant Science Innovation, University of Nebraska – Lincoln, Lincoln, NE, USAらのグループは、植物にとっての善玉菌を根圏に定着させる接種法について比較検討をしています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8826558/

植物成長促進細菌の接種方法は、宿主となる植物の根圏における根圏細菌のコロニー形成に影響を及ぼし、結果として植物成長に影響を与える可能性がある重要な要因です。種子接種は、農業生産に適しており、野外条件下で、商業規模で最も広く使用されています。種子にコーティングされたバクテリアの生存率を高めるために、泥炭スラリーなどのキャリアまたはアルギン酸塩ポリマーからなるフィルムコートは、乾燥や温度変化などの環境ストレスから接種する細菌を保護する層として良く使用されます。一方、植え付けの前後に土壌に細菌を接種する為には、土壌ドレンチ、または畝と畝の間のあぜへの接種が行われます。この方法は、種子にコーティングされた化学物質によって接種細菌が阻害されるのを防ぎ、種子の大きさに制約されることなく、より高密度で接種細菌を使用できるため、種子接種に比べていくつかの利点があります。また、葉面への散布と根の浸漬は、接種法として最も一般的に使用される方法でもあります。

このレポートでは、5種類の接種方法「すなわち、苗のプライミング、土壌ドレンチ、および3つの種子コーティング方法(直接種子コーティング、アルギン酸塩種子コーティング、および12時間コーティング)」を、3つの異なる細菌株をモロコシの根圏に定着させる効果について比較検討しています。

使用した根圏細菌は野外で栽培されたモロコシの根圏から分離された3種類であり、根の内球に由来するChitinophaga pinensis(グラム陰性細菌)、および土壌由来の Caulobacter rhizosphaerae(グラム陰性細菌)とTerrabacter sp.(グラム陽性細菌)でした。

滅菌した温室内の環境では:
他の接種方法と比較して、苗のプライミングによるC. rhizosphaerae、およびC. pinensisの接種にて、より大きな根の成長促進効果が得られました。実際、C. rhizosphaeraeによるの根の成長促進効果は、この効果がわずかに有意であるにもかかわらず、苗のプライミングでのみ検出可能でした。 C. pinensisの場合、アルギン酸塩コーティングで有意な根の成長促進効果も観察され、12時間のコーティングではわずかな効果に留まりました。 土壌ドレンチ法を用いてC. rhizosphaeraeおよびC. pinensisを接種した場合、有意な根の成長促進効果は測定されませんでした。使用した3つのバクテリアのうち、C. pinensisとTerrabacter sp.のみが有意なシュート成長促進効果を示しました。 C. pinensisからの有意なシュート成長促進効果は、苗のプライミング、アルギン酸塩コーティング、および12時間のコーティング方法で接種されたときに測定されました。 Terrabacter sp.の場合には、同様な種子コーティング方法で接種された場合には効果がありましたが、苗のプライミングでの接種では効果が限定的でした。

屋外での栽培では:
野外栽培に適した2つの接種方法、アルギン酸塩コーティングと12時間コーティング、を野外条件下でテストしました。 C. rhizosphaeraeとC. pinensisは、野外での接種後12週間まで根圏で検出され、接種された植物の根圏のDNAコピー数は、温室内実験のそれと比較して低く、接種されていないコントロールと有意差はありませんでした。Terrabacter sp.は、どのサンプリング時点でも検出されませんでした。これは、種子をコーティングするために使用された細菌分離株の濃度(種子あたり103 –104 CFU)が低すぎて、自然に存在する無数の細菌群との競争に勝ち残れていないためであると考えられます。

滅菌した温室内では、種子を細菌懸濁液でコーティングするグラム陽性細菌の接種法で、コロニー形成が出来ていましたが、屋外での結果は決定的ではありませんでした。グラム陰性細菌の場合では、苗のプライミングを使用した直接接種が、種子のコーティングよりも高いコロニー形成効率をもたらすようです。

血中のC-マンノシル・トリプトファン(CMW)が、卵巣がんの優れた診断マーカーになり得る

和歌山県立医科大学らのグループは、C-マンノシル・トリプトファンの診断領域での応用について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6924205/

C-マンノシル・トリプトファン(CMW)は、ヒトの尿から最初に単離されたグリコシル化アミノ酸であり、α-マンノースがC-C結合を介してトリプトファン残基のインドールC2炭素に結合している独特の糖鎖構造を持っています。 CMWは、翻訳後修飾としてヒトリボヌクレアーゼ2(RNase2)でも同定されました。

医療分野では、2型糖尿病に関連する腎疾患を含む腎機能障害のある患者で血中CMWが上昇することが最初に報告されています。癌生物学では、R-スポンジン2のC-マンノシル化が様々なヒト腫瘍細胞におけるWnt/β-カテニンシグナル伝達および遊走活性を活性化することが最近報告されました。この研究は、R-スポンジン2のC-マンノシル化が癌の進行の促進に関与していることを示唆しました。更に、C-マンノシル化の基質タンパク質であるスポンジン2(ミンディン)は、卵巣がん患者の血液中で増加していました。これらの研究は、プロテインC-マンノシル化とCMWが癌進行の病態生理学的プロセスに関与している可能性があることを示唆しています。

本研究においては、卵巣がんの血中CMWが、健常者と比較して、ボーダーおよび良性腫瘍群よりも悪性腫瘍群で有意に高くなってることが示されました。血中CMWのROC分析では、悪性腫瘍をボーダー/良性腫瘍から明確に区別できました(AUC = 0.905)。診断性能は従来のマーカーであるCA125(AUC = 0.835)より優れており、CMW + CA125の組み合わせでは、更に優れた診断能力が得られました(AUC = 0.913、感度=81.8%、特異度=87.5%)。

なお、サンプル中のCMWは、液クロ法によって分析および定量化されました。サンプルをUPLCシステムに注入し、蛍光を測定することでCMWが定量されました(285nmでの励起/ 350 nmでの発光)。

病原性のないフサリウム・オキシスポルム変異株を使って、フサリウム青枯病を抑え、植物の生長を促進する

農研機構らのグループは、非病原性のフサリウム・オキシスポルム(F. oxysporum)の菌株が、病原性を持つフサリウム・オキシスポルム野生型菌株に対して示す生物的防除活性について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8828976/

非病原性のF. oxysporumを使用してフサリウム病を防除するというアイデアは、フサリウム青枯病を自然に抑制するという土壌の研究から生まれました。

このレポートでは、以下の菌株を使用して、病原性フサリウム野生型に対する非病原性フサリウムの変異株の生物的防除活性を実証しています。
病原性フサリウム野生型菌株:F. oxysporum f. sp. melonis株 Mel020120 、およびF. oxysporum f. sp. lycopersici菌株 CK3-1
非病原性フサリウム菌株:F. oxysporum MFG6 、ΔFOW2 Mel02010 MF2-1 、およびΔFOW2 CK3-1 LF2-1

下図に示すように、非病原性フサリウム菌株の病原性フサリウム野生型菌株に対する生物的防除活性が明確に示されています。

非病原性株を根に事前接種することが非常に効果的です。実際、病原性フサリウム野生型株の分生子発芽および菌糸伸長は、非病原性フサリウム株を事前に接種した根の表面で著しく阻害されていることが別途示されています。

レクチンマイクロアレイを用いて甲状腺癌におけるBRAF遺伝子異常をNeuregulin 1 (NRG1)の糖鎖プロファイルの変化から検出する

Department of Head and Neck Surgery, Fudan University Shanghai Cancer Center, Shanghai, Chinaらのグループは、レクチンマイクロアレイを用いて甲状腺癌におけるBRAF遺伝子異常をNeuregulin 1 (NRG1)の糖鎖プロファイルの変化から検出しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8798758/

この研究では、レクチンマイクロアレイを用いて血清NRG1の複数の糖鎖プロファイルを分析することにより、甲状腺乳頭がん(PTC)患者のBRA FV600E変異体の状態を検出できるかどうかを評価しています。

NRG1の過剰発現はさまざまな癌に関連していることが報告されています。NRG1タンパク質はERBB3またはERBB4タンパク質に結合し、ERBB受容体型チロシンキナーゼを活性化した後、PI3K/AKT経路を含むシグナルカスケードを活性化します。このNRG1ですが、報告されているように、血中に分泌される可能性があります。

そこで、レクチンマイクロアレイを使用して、BRAF(+)PTCおよびBRAF野生型(-)PTC患者の血清からのNRG1の様々な糖鎖プロファイルの変化を分析しました。レクチンマイクロアレイは、糖鎖プロファイルを取得するための迅速で高感度なハイスループット技術であり、コア基質から糖鎖を遊離させることなく糖タンパク質を直接分析することができます。

LEL、BPL、およびNMLは、BRAF(-)コントロールと比較してBRAF(+)PTC患者のNRG1に結合する傾向があることがわかりました。

キチナーゼ3-like-1(CHI3L1)の阻害剤が新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)感染の治療薬になり得る:抗-CHI3L1およびカスガマイシン

Molecular Microbiology and Immunology, Brown University, RI. 02912, USAらのグループは、抗-キチナーゼ3-like-1(CHI3L1)、および低分子化合物であるCHI3L1の阻害剤であるカスガマイシンが、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)の治療薬になり得ると報告しています。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.01.21.477274v1

CHI3L1のようなSARS-CoV-2感染に関与する宿主因子を標的とする治療法は、ACE2を使用するすべてのウイルス変異体の感染制御に寄与する可能性がある考えられます。この仮説をテストするために、アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、およびオミクロン変異株のSpikeタンパク質を発現する偽ウイルスを調製し、CHI3L1ベースの介入がヒト肺上皮細胞に感染する能力を制御できるか否かが評価されました。本研究では、CHI3L1が宿主細胞におけるACE2およびSpikeタンパク質のプライミング酵素の発現と蓄積を増強し、アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、およびオミクロン変異株の偽ウイルス変異体による肺上細胞への感染を増強することが示されています。そしてまた、抗-CHI3L1が肺上皮細胞におけるACE2とSpikeタンパク質のプライミング酵素の発現と蓄積を阻害し、アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、およびオミクロン変異株の偽ウイルスによる肺上皮細胞への感染を阻害できることが示されています。

 
CHI3L1がCalu-3細胞のACE2発現とデルタ株偽ウイルス感染を増強し、FRG(抗-CHI3L1)が、ACE2とデルタ偽ウイルス感染の発現を抑制したことが実証されました

カスガマイシンの場合にも同様の抗ウイルス活性が観察され、アルファ、ベータ、ガンマ、またはデルタ変異株のSタンパク質を持つ偽ウイルスの取り込みを効果的に阻害することが示されました。

H84T BanLecがヘルペスウイルスに広範囲な抗ウイルス活性を示す

Department of Microbiology and Immunology, SUNY Upstate Medical University, Syracuse, NY USAらのグループは、改変レクチンであるH84T BanLecがヘルペスウイルスに対して広範囲な抗ウイルス活性を示すと述べています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8803833/

抗ウイルス剤としての新たな戦略の1つは、レクチンを使用してウイルスエンベロープ上の糖タンパク質に結合させることです。天然に存在するレクチンは、ウイルス、細菌、およびその他の微生物を阻害する広範囲に活用できる抗菌剤として探索の対象となってきました。有望なレクチンの1つであるBanLecは、バナナレクチンに由来し、マンノースN型糖鎖との高い親和性を示し、HIVに対する効果的な抗ウイルス作用を持つことが分かっています。残念ながら、野生型BanLecはT細胞有糸分裂誘発性を持つと共に、好塩基球と肥満細胞を活性化してしまいます。これらの問題に対処するために、H84T BanLecを開発し、84位のヒスチジンをスレオニンに置き換えました。これにより、レクチンの抗ウイルス特性を維持しながら、有糸分裂誘発性が著しく低下しました。

ハイマンノース型N-結合型糖鎖は、ヒトヘルペスウイルスを含む多くのウイルスのエンベロープタンパク質に存在します。ヒトヘルペスウイルス(HHV)は、口唇ヘルペスから皮膚の発疹や伝染性単核球症に至るまで、さまざまな病気を引き起こすエンベロープ型のDNAウイルスです。 HHVは生涯にわたり感染を引き起こし、最初の感染後、再活性化するまで潜伏し続けます。 HHVは世界中で普及しており、人口の最大95%が複数のタイプに感染しているとされています。最も一般的なHHVの3つは、単純ヘルペスウイルス1(HSV-1)、水痘帯状疱疹ウイルス(VZV)、およびヒトサイトメガロウイルス(HCMV)であります。

H84T BanLecの作用機序はウイルスに依存しており、著者は以下の違いを発見しました。
VZVの場合、H84TBanLecは宿主細胞への接着または侵入をブロックしません。代わりに、H84T BanLecは、侵入後のウイルス複製プロセスのステップを妨害してVZVの拡散を防ぎます。これは、H84T BanLecが糖タンパク質の成熟、輸送、ウイルス粒子のアセンブリ、または細胞融合を阻害することにより、VZV感染細胞と相互作用している可能性が高いことを示唆しています。
HCMVの場合、H84T BanLecはウイルス粒子の合成を妨害しませんが、ウイルスの接着と侵入の防止が感染メカニズムと考えられます。
HSV-1の場合、H84TBanLecは、詳しくは不明ですが、侵入後に機能するようです。

SI (selectivity index) calculated as CC50/EC50

レムデシビル、モルヌピラビル、ニルマトレルビルは、SARS-CoV-2 オミクロンにも有効である

KU Leuven, Department of Microbiology, Immunology and Transplantation, Rega Institute, Laboratory of Virology and Chemotherapy, Leuven, Belgiumらのグループは、レムデシビル、モルヌピラビル、ニルマトレルビルは、SARS-CoV-2 オミクロンにも有効であると報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8785409/

SARS-CoV-2に対するいくつかの直接作用型抗ウイルス薬が存在しますが、それらは、スパイクタンパク質に対するモノクローナル抗体とウイルス複製機構に干渉する低分子量化合物の2つのクラスに分けることができます。承認または緊急使用許可を受けたSARS-CoV-2用直接作用型低分子化合物抗ウイルス薬は、可変スパイクタンパク質をターゲットとせず、保存されたウイルスRNA依存性RNAポリメラーゼ(RdRp)または保存されたウイルスメインプロテアーゼ(Mproまたは3CLプロテアーゼ)をターゲットとしています。

レムデシビルは、もともとエボラウイルス感染症を治療するために開発されたヌクレオシドGS-441524のモノホスホルアミデートプロドラッグであり、SARS-CoV-2のRdRpを阻害します。

モルヌピラビル(MK-4482またはEIDD-2801)は、ヌクレオシド類似体EIDD-1931(β-D-N4-ヒドロキシシチジン)のプロドラッグであり、元々はインフルエンザなどのRNAウイルス用に開発されたものであり、ウイルスRdRpの阻害剤です。

ニルマトレルビル(PF-07321332)は、SARS-CoV-2 Mproの不可逆的阻害剤であり、リトナビルと同時製剤化されており、経口投与治療(Paxlovidとして知られています)が可能です。

この研究は、GS-441524、レムデシビル、EIDD-1931、モルヌピラビル、およびニルマトレルビルが、オミクロンを含む現在のすべてのSARS-CoV-2変異株に対してそれらの活性を保持していることを示しました。これらの抗ウイルス剤が異なるSARS-CoV-2VOCに対する活性を保持しているという事実は、これらの抗ウイルス剤のターゲットタンパク質が高度に保存されているという観察結果と一致しています。

市販中和抗体のSARS-CoV-2 オミクロンに対する中和力価の様子

Wellcome Centre for Human Genetics, Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, Oxford, UKらのグループは、SARS-CoV-2 Omicronに対する市販抗体の中和力価などを報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8723827/

以下は、オミクロンに存在する数多くの変異が、市販の中和抗体(mAb)の中和能力の実質的なノックダウンにつながることを示す幾つかの提示されたデータを示しています。
“Commercial neutralizing antibody responses against SARS-CoV-2”

ワクチン接種をしても、血中抗体によるオミクロンの中和力価の低下は避けられないかも知れませんが、ワクチンが完全に効力を失う可能性は低く、ワクチン接種をしていてもブレークスルー感染は発生してしまいますが、恐らく、重症化することに対してはT細胞によって保護が維持されることが期待されます。SARS-CoV-2に対するワクチン誘発性T細胞応答は、抗体応答よりも影響が少ない可能性が報告されています(本ブログでも紹介例があります)。

SARS-CoV-2に対するワクチンを未接種な場合、オミクロンに感染しても他の変異株に対する中和抗体の交差反応性は低い

Gladstone Institutes, San Francisco, CA, USAらのグループは、SARS-CoV-2のワクチン接種を受けていないヒトの場合、オミクロン変異株の感染は、他の変異株に対して有効な交差中和抗体を引き出さないが、ワクチン接種を受けたヒトでは、オミクロン感染は効果的にそれ自身のみでなく、他の変異株に対する中和活性も強化されると報告しています。
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.13.22269243v1.full-text

SARS-CoV-2の異なる株(WA1、アルファ、ベータ、デルタ、およびオミクロン)の感染によって誘発される免疫応答を決定するために、感染したマウスの血清を収集し、SARS-CoV-2に対する中和活性が評価されました。デルタ感染マウスの血清は、変異株に対して最も広範な交差反応性を示し、ベータを除くすべての系統を効果的に中和しました。比較して、オミクロン感染はオミクロン自体を効果的に中和しましたが、他の変異株に対しては限定的な交差中和を示すに留まりました。 WA1に感染したマウスの血清は、WA1、アルファ、およびデルタに対して効果的な中和活性を与えましたが、ベータおよびオミクロンに対しては中和活性を示しませんでした。これらの結果は、他の変異株と比較してオミクロンによって誘導される免疫は限定的であることを示しており、多くの変異を持つスパイクタンパク質や複製能力が低いことにその原因があると考えられます。

ヒトの場合、興味深いことに、オミクロンのブレイクスルー感染が確認されたワクチン接種を受けた個人の血清は、以下に示すように、オミクロンを含むすべての変異株に対して最高レベルの防御(> 80%)を示しました。

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