月: 2021年6月

University of Pennsylvania Perelman School of Medicine, USAらのグループは、SARS-CoV-2の非構造タンパク質であるNSP1とNSP13がそれぞれのメカニズムでインターフェロンの活性化を阻害し、ヒトの自然免疫を抑え込んでいることを示しました。 https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0253089 自然免疫の抗ウイルス作用はウイルス性病原菌に対する防御の最初の障壁です。RNAウイルスが感染すると、ウイルスRNAやスパイクタンパク質と言ったウイルス病原体関連分子パターン（PAMP）が、RIG-I、MDA5、TLRファミリーメンバーなどのサイトゾルパターン認識受容体によって感知されます。RIG-IとウイルスRNAの結合は、中心的な自然免疫アダプタータンパク質であるMitochondrial antiviral-signaling protein（MAVS）を介して下流のシグナル伝達カスケードを開始します。一旦MAVSが活性化されると、キナ […]

本ブログ筆者が新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）に関する論文概説記事を書き始めてから、もう直ぐ1年になろうとしています。記事を書き始めたのは2020年の7月で、GlycoTechnicaのOfficial blogサイトでしたが、同年10月以降はMxのブログサイトに場所を移して書き続けてきました。 新型コロナウイルス（COVID-19）における糖鎖とレクチンの係りについて、すべてが解明されたとはとても言えない状況ですが、ポイントは整理されてきた感じがしますので、このあたりで一回「新型コロナウイルス（COVID-19）における糖鎖とレクチンの係り」について、筆者なりの見解をまとめてみたいと思います。 SARS-CoV-2はエンベロープを持つウイルスであり、エンベロープには、S (スパイク)、M (マトリックス)、E (エンベロープ)タンパク質が存在しています。感染にかかわるのは、主にスパイクタンパク質であると考えられています。スパイクタンパク質は糖タンパク質であり、非常に多くの糖鎖修飾を受けています。具体的には、スパイクタンパク質には、22個のN-型糖鎖修飾部位、6個のO-型糖鎖 […]

University of Cambridge, UKらのグループは、SARS-CoV-2の多数の独立した系統においてみられるΔH69/V70という変異がどんな役割をしているのか？について述べています。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34166617/ WTとΔH69/V70の変異の間には、オーバーオールに見て血清中和活性に対する反応性に差異は見られず、ΔH69/V70変異は抗体から逃れるという意味でのメカニズムは持っていないようです。 一方で、S2スパイクのウエスターンンブロットでは、ΔH69/V70の方が多量の切断されたSpikeがVirionsにもHEK293Tのライセートにも含まれていることが示されました。 結論としては、従って、ΔH69/V70 変異それ自身は抗体から逃れるという意味でのメカニズムは持たず、Spikeの切断を加速することによって感染率を増加させるという機能を持っているようです。

Weizmann Institute of Science, Rehovot, Israelらのグループは、SARS-CoV-2感染に由来するHLA-I と HLA-II 抗原提示ペプチドに関して報告しています。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34166618/ ACE2を発現するHEK293T細胞、IHW01070細胞、およびCalu-3細胞をSARS-CoV-2で感染させました。HLA-IとHLA-IIに抗原提示される抗原をプロファイルするために、HLA peptidomicsを使用し、実験は三回行われました。因みに、ご存じのように、HLA-Iは内因性ペプチド抗原を、HLA-IIは外因性ペプチド抗原を提示します。 10個のHLA-Iペプチドが発見されました。 2個はspike proteinから, NEVAKNLNESL and TGSNVFQTR、 2個はnsp3から, STTTNIVTR and YYTSNPTTF、 1個がORF3から, FTIGTVTLK、 1個がnsp1から, HSSGVTREL、 4個がnucleocapsidから, A […]

University of South Florida, Morsani College of Medicine, USAらのグループは、COVID-19の重症度と相関する末梢血の50種の遺伝子プロファイルを分析しています。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8214725/ ハイリスクのグループでは、7種の遺伝子が高発現し（PLBD1, TPST1, MCEMP1, IL1R2, HP, FLT3, S100A12）、43種の遺伝子が低発現 となっていました（LCK, CAMK2D, NUP43, SLAMF7, LRRC39, ICOS, CD47, LBH, SH2D1A, CNOT6L, METTL8, ETS1, P2RY10, TRAT1, BTN3A1, LARP4, TC2N, GPR183, MORC4, STAT4, LPAR6, CPED1, DOCK10, ARHGAP5, HLA-DPA1, BIRC3, GPR174, CD28, UTRN, CD2, HLA-DPB1, ARL4C, BTN3A3, […]