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糖鎖プロファイラーと糖鎖解析ソフト

レクチンアレイを用いた糖鎖プロファイリング:糖鎖プロファイラー

GlycoStation Reader 2300

世界で最も高感度な糖鎖プロファイラーです。エバネッセント蛍光励起を用いることで、分子間相互作用を非破壊で検出できます。糖鎖プロファイラーという名の通り、レクチンマイクロアレイ用として開発されたスキャナーであり、比較糖鎖プロファイリングに絶大な力を発揮します。もちろん、糖鎖アレイも勿論スキャンすることができます。

GlycoStation Reader 2300 (GSR2300)が現在のHighend糖鎖プロファイラーとなります。初代のGSR1200と比べますと、相反するふたつの機能(高感度と高速スキャン)が両立していることが特徴であり、GSR1200以上の高感度を出しながら、僅か15秒でマイクロアレイをスキャンすることができます。一般的なマイクロアレイ用スキャナーが、10分前後のスキャン時間を要することを考えれば、世界最速の超高感度糖鎖プロファイラー(スキャナー)ということができましょう。低ノイズの特徴を生かし、信号レベルが小さい領域でも線形性が高く、ダイナミックレンジも広がっています。

仕事が速いということはとても大切な要素です。是非、GSR2300の高速スキャンを体験してみてください。次から次とレクチンマイクロアレイ(糖鎖アレイも)が処理され、その場で驚きをもってサンプル間の違いを体感できます。速さに慣れると、もう遅いスキャナーには戻れません。GSR2300は、そんな異次元の体験をあなたにお届け致します。

GSR2300の基本仕様は下記のようになります。

特殊GTレンズ
  • エバネッセント波蛍光励起:弱い分子間相互作用を非破壊で高感度検出
  • Cy3, Cy5, FITCに標準対応:最大8種類の蛍光フィルター搭載可能
  • 超高感度:細胞5個で糖鎖プロファイリングが可能
  • 低ノイズ:従来機種GSR1200に対して最大60倍S/N比アップ(サンプルに依存)
  • 超高速スキャン(最高感度時):最速15秒
  • サイズ:440x592x585mm
  • 重量:67kg

本機では、これらの仕様を満たすため、光学系が一新されており、独自の高NA・高視野のGTレンズが搭載されています。


小型・超高速・高感度糖鎖プロファイラー

この度、GlycoLiteの次世代機、GlycoSuperLite(GSL)2200が登場しました。従来のGlycoLiteは既に製造中止となり、外観と性能を大きく改善しての待望の糖鎖プロファイラー普及機となります。詳細な糖鎖構造解析よりも、糖鎖修飾の変化の様子を比較糖鎖プロファイリングで手短に知りたい、この目的にぴったりです。

GlycoSuperLite, GSL2200

本機は、高NAの5.5倍の縮小光学系を採用しており、レクチンマイクロアレイの蛍光画像をスキャンレスで一瞬に取り込むことができます。その為、超高速なスキャンが可能であり、10秒以下のスキャン時間を実現することに成功しています。世界最高速のエバネッセント波蛍光励起の糖鎖プロファイラーと言っても間違いではありません。この高速スキャンでも感度は犠牲にされておらず、検出限界感度=2ng/mLを実現しています。縮小光学系の採用によって、解像度はそれなりに低下していますが、500um前後のピッチのマイクロアレイであれば、問題なくスポットの同定と解析が可能です。装置の小型化も進み、本体重量は10kgとなり、従来のGlycoLiteの半分以下の軽さも実現されています。

  • エバネッセント波蛍光励起:弱い分子間相互作用を非破壊で高感度検出
  • 蛍光色素:Cy3単色
  • 高感度:LOD=2ng/mL
  • 超高速スキャン:10秒以下
  • サイズ:345x280x350mm
  • 重量:10.4kg

この高性能を、GSR2300の20%以下の価格でご提供できる予定です。

GlycoSuperLiteがリリースされました

 

GSLの動作をご紹介:装置の電源スイッチはパネル前面にある。ONすると電源スイッチが赤色に点灯する。LecChipを専用のカセットに乗せて、カバーをしてから、装置内のステージにセットする。LED光源の輝度は、パネル前面のつまみでマニュアルコントロールが可能で、カセットを装填時には、光源輝度を下げ、スキャン開始時にはMAXに設定する。スキャン時間は超速であり10秒以下、しかし、感度は全く犠牲にしていない。縮小光学系の搭載により解像度は低下しているが、スポットは明瞭に同定され、実用上問題なくスポットの信号輝度の数値化が可能である。

糖鎖解析ソフト

本機に付属する解析ソフトは、GlycoStation ToolsProであり、現在はVer3.0が最新仕様となっています(略称、ToolsPro Ver3.0)。その主な仕様は下記の通りであり、糖鎖プロファイリングを行う上で必要な機能がまとめられた非常に使いやすい解析ソフトとなっています。

  • 標準の45レクチン・7ウエルのフォーマットに加え、90レクチン・3ウェル、18レクチン・14ウエルの新規フォーマットにも対応
  • 蛍光画像(TIF形式)を読み込み、グリッドを発生させて、各スポットの輝度を数値化(16bits)
  • Backgroundについては、Local Background modeとGlobal Background modeを切り替えて使用可能
  • 異なる感度条件で取得された2枚以上の画像を用いて、ゲイン統合(Data Integration)を行い、飽和しているレクチンスポットの信号を補正し、高輝度側のダイナミックレンジを拡大
  • Binding curve(横軸にサンプル濃度、縦軸にNet Intensity)の描画により、最適サンプル濃度の決定が容易
  • 比較糖鎖プロファイリング解析図を描画(最大10比較)
  • 各種のデータ規格化法を搭載(Raw, Max Intensity, Average, Special Lectin)
  • 描画した図は、クリップボードを利用し、簡単にPowerPointなどへコピー可能
  • 描画した図の数値化データも、Excelにエクスポート可能
  • 統計解析ソフトやDeep Learningソフト(SADL/ESY)へのデータエキスポートも可能
  • レクチンマイクロアレイの各スポット位置のレクチン名も編集可能にて、如何なるカスタムチップにも即座に対応可能

本ソフトウェアーは、Dongle keyによって保護されています。


ソフトウェアー

統計解析・深層学習ソフト (SA/DL Easy)

Pythonらのプログラミング言語に知識がなくても、マウス操作のみで深層学習のニューラル・ネットワークを構築し、Deep Learningが行えます。入力データはCSVフォーマットを使用します。ユーザーフレンドリーに徹した簡易ソフトにて、AIの世界をご自身でお試し頂けます。

下記サイトよりSA/DL Easyのマニュアルを見ることができます。

SA/DL Easy Manual (日本語版)

応用例をひとつご紹介しましょう。
国立成育医療研究所のグループは、レクチンマイクロアレイの糖鎖プロファイリングデータにDeep Learning(深層学習)を組み合わせることで、細胞の違いを超高精度で判別できることを実証しました。

細胞の超高精度な判別を細胞を非破壊で行う

レクチンマイクロアレイには、GlycoTechnicaのLecChip Ver1.0が使用されています。同レクチンマイクロアレイには厳選された45種類の天然型レクチンが搭載されており、2007年に上市以降、レクチンアレイのデファクトスタンダートとして世界中で広く使用されています。Deep Learningは、ご存知のようにAIの一手法として色々な分野で応用が進んでおり、本研究ではGoogleのTensorFlowをバックエンドとし、Kerasをラッパーソフトとして使用しています。Deep Leaning の層構成は、入力層が45(レクチンの個数と同じ)、出力層が5(5種の細胞の判別を行うため)であり、隠れ層は1から5層であります。評価した細胞種は5種(Pluripotent stem cell, Mesenchymal stromal cell, Endometrial and ovarian cancer cell, Cervical cancer cell, Endometrial cell)であり、合計1,577サンプルを評価に用いています。得られた結果は驚異的であり、総合97.4%という高い判別能力を示しています。


研究開発消耗品

間葉系幹細胞およびEC細胞用培地

2022年7月28日より、お取り扱い開始です。幹細胞用培地が4種類があります。ボトル1本からお取扱致します。 成長因子、抗生剤、血清(10%)を含んでますので、そのままご使用可能です。

商品名容量用途定価(内は、税抜き)
Poweredby10250mL間葉系幹細胞用DMEM25,300円(23,000円)
Plusoid-M250mL間葉系幹細胞用MSCBM37,400円(34,000円)
G031101250mLEC細胞用19,580円(17,800円)
M061101250mL間葉系幹細胞用21,450円(19,500円)
適用細胞は、医薬基盤研、理研BRCから入手可能にて、その推奨培地となっております
培地名適用細胞名
Poweredby10Yub621c, Yub621b, Yub621BMC, Yub622,Yub623, Yub10F, KUSA-A1, KUSA-H1, UE6E7T-1,KUSA-0, UE6E7T-2, KUM3, KUM4, UE6E7T-3, U3-DT, UE6E7TC-4, NRG, KUM9, UBE6T-6, UBE6T-7, UE7T-9, UE6ET-11, UE6E7T-12, UE7T-13, Yub631, Yub632, Yub633, UBET-15, UE6E7-16, Yub634, KUM6, KUM7, PL519, PL520, PL551SF, PL523, PL521, EPC-1, EMC100, EMC214, EM-E6/E7/hTERT-2, UtE1104, H-1A(H123), HAdpc-25-Bmi-1-TERT, HAdpc-26-E6-Bmi-1-TERT, HAdpc-28-E6E7-TERT, HAdpc-29-E7-TERT, H-1D(H162), UtE1104, Edom22, Yub2498c, Yub2502c, Yub2503c
Plusoid-MUCB302MSCs, UCBTERT-21, UCB408E6E7-31, UCB408E7-32, UCB408E6E7TERT-33, PL507, UCB408E7-TERT-34, PL508, PL509
G031101NCR-G1, NCR-G2, NCR-G3, NCR-G4
M061101Yub635, Yub637b, Yub636, Yub642p, Yub642, Yub637s, Yub462b, KUM10, KUM5, 9-15c, UC701, PL532, UC702, UC704, UC705, PL512, PL514, PL516, PL517, PL518
適用細胞は、医薬基盤研、理研BRCから入手可能にて、その推奨培地となっております

納期:木曜日までの受注にて、翌週の木曜日までに配送致します。
使用期限:製造後1ヶ月
保存条件:冷蔵推奨、冷凍は避けて下さい。

特殊培地

EMUKK-Series

市販されていない特殊培地を販売しています。下記に示す論文等で実績のある特殊培地です。

新製品リリース, 2021年3月6日: EMUKK-35 (特殊培地)繊維芽細胞用に特に適する
新製品リリース, 2021年5月15日: EMUKK-05 (特殊培地)肝細胞用に特に適する
新製品リリース, 2021年5月15日: EMUKK-15 (特殊培地)上皮細胞用に特に適する
新製品リリース, 2021年5月15日: EMUKK-25 (特殊培地)間葉系間質細胞用に特に適する

商品名容量用途定価(内は、税抜き)
EMUKK-05200mL肝細胞用に特に適する35,970円(32,700円)
EMUKK-15200mL上皮細胞用に特に適する33,880円(30,800円)
EMUKK-25200mL間葉系間質細胞用に特に適する31,460円(28,600円)
EMUKK-35200mL繊維芽細胞用に特に適する31,460円(28,600円)
適用細胞は、医薬基盤研、理研BRCから入手可能

納期については、受注生産品になりますことから、都度ご確認をお願い申し上げます(Mail to info@emukk.com)。本商品は、当ホームページのShopより、クレジット決済等により購入頂けます。

本特殊培地に絡んだ肝細胞と推奨培地に関する情報ページは、下記にあります。
肝細胞(HepaMN細胞、ProliHH細胞)と推奨培地詳細


レクチン

今後、続々、特殊レクチンシリーズをリリース予定、最初の製品としてSeviLとMytiLecを予定。

SeviLは、糖脂質であるGM1b, asialo-GM1に糖鎖結合特異性を有し、MytiLecは、メリビオース Galα(1,6)Glc、グロボトリオース Galα(1,4)Galβ(1,4)Glcに糖鎖結合特異性を有する。

レクチン名糖鎖結合特異性
SevilGM1b, asialo-GM1
MytiLecGalα(1,6)Glc、Galα(1,4)Galβ(1,4)Glc
レクチンの糖鎖結合特異性

SeviLの糖鎖結合特性と分子構造解析から

MytiLecの分子構造と糖鎖結合特異性について

ムラサキインコガイ

新規バイオセンサー製品類

FA-PC

バイオセンシング, バイオイメージング装置の開発を進めています

新型コロナウイルス(COVID-19)も、徐々にワクチンの接種が進みだし、まだまだ時間はかかると思いますが、終息に向かっていくことでしょう。変異株についても、ワクチンの有効性は下がっても、現在のワクチンがまったく効かないということではないですし、恐らく変異に対するブーストワクチンも追加されていくことでしょう。

高感度な検査法としては、やはり遺伝子増幅が必須ですし、RT-PCRが今後ともゴールドスタンダードでしょう。しかし、遺伝子検査の高速化や簡易化を目指し、等温遺伝子増幅を用いた方法、CRISPRA-Cas12a, -13aを用いた方法らも登場してきています。

POCT狙いの観点でも、小型で安価な検査デバイスもいろいろ出てきています。検査の迅速化という点では、やはりプロトコル周りのチューニングが非常に大切ですが、検出法としては、電気的な検出方法が一番小回りが利くのではないでしょうか?そういった観点で、Redox反応を利用した電気化学的な検出法が一番面白いように思っています。


根圏マイクロバイオームセンサー

現在、開発企画中です。こうご期待!

植物の根の周辺には根圏細菌が共生しており、その多様で複雑な細菌の集団を根圏細菌叢と呼んでいます。この根と根圏細菌叢の共生の関係は、しばしば動物の腸と腸内細菌の関係に例えられます。

土壌診断で用いられる従来の指標、pHや水分量と言った化学的指標、土壌密度と言った物理的指標に加えて、生物学的な指標を検出できるセンサーの必要性が益々高まっています。

遺伝子解析技術の進歩によって、最近では、土壌から根圏細菌を分離培養しなくても、細菌叢の構成を解析できるようになっています。個々の細菌間の相互作用についても、菌根菌を助けるヘルパー細菌の存在が明確になるなど理解が進んできていますし、根圏細菌は、窒素の固定や土壌中の栄養素(リンやカリウムなど)の可溶化といった機能を示すだけでなく、植物病原菌を抑える抗菌物質や植物成長ホルモンらを代謝物として根圏に分泌し、土壌の肥沃さに大きく貢献しています。

このような観点から、植物の根圏の健康状態を的確に表す指標を捕まえるマイクロバイオームセンサーが必要であり、それを用いて土壌の肥沃さをコントロールする方法を見出すことが最も優れた植物の管理方法に成り得ると考えるのです。


テクニカルサポート&サービス

Mxの豊富な経験を活かし、マイクロアレイスキャナー、マイクロアレイ、バイオマーカー探索、アッセイ・キットの開発など、幅広くご支援させていただきます。