レクチンマイクロアレイとAIを組み合わせて、N-型糖鎖の詳細構造解析を行う

Department of Bioengineering, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USAらのグループは、レクチンとAIを用いたアプローチにより、N型糖鎖の構造を予測し、レクチン結合パターンに基づいて精製タンパク質中のN型糖鎖の相対存在量を決定する方法について報告しています。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.587044v1

この方法は、評価する系が限られている場合にはそこそこ使えますが、汎用的にアプライするには問題が多いです。

類似の方法は、Mxで5年前にDeep Learningをコア技術として使用する”SA/DL Easy”と名付けられたソフトとして作成済みで、これを使うと同じようなことはすぐにできます。
問題なのは教師データを作るというか、構造がきちんと同定された発現糖鎖構造を多数用意し、糖鎖プロファイルを取得するという地味な作業にあります。
https://www.emukk.com/SADL-Easy/index.html

上皮間葉転換におけるガレクチンの役割から特にがんを抜き出してみると

ガレクチンの上皮間葉転換に関するレビューが CEBICEM, Facultad de Medicina y Ciencia, Universidad San Sebastián, Santiago, Chileらのグループから出ていたので読んでみました。その中から、がんに関係している部分を抜き出してみると以下のような感じです。
https://biolres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40659-024-00490-5

胃がんでは、Gal-1 レベルの上昇は、全生存期間および無病生存期間の低下、および患者のリンパ節転移の発生率の増加と関連している。胃がん細胞株は Gal-1 を産生し、これが上皮間葉転換を促進し、これらの細胞の増殖、浸潤、転移能を増加させる。卵巣がんでは、血清サンプルで Gal-1 レベルが増加し、悪性度およびリンパ節転移と相関している。卵巣がん細胞株では、Gal-1の過剰発現は上皮間葉転換を促進し、MAPK-JNK/p38シグナル伝達経路の活性化を通じて細胞の遊走と浸潤を増加させる。胃癌および膵管腺癌腫瘍の間質細胞では、癌細胞の上皮間葉転換表現型と相関して、高レベルのGal-1が検出される。膵星細胞におけるGal-1の過剰発現は、共培養された膵臓癌細胞の上皮間葉転換を誘導し、NF-κB経路を介した細胞の増殖と浸潤を促進する。Gal-3 発現の下方制御は、異種移植結腸癌モデルにおける腫瘍増殖を減少させるが、その過剰発現は癌細胞の転移能を高める。肝細胞がんでは、Gal-3 の過剰発現は PI3K/AKT/GSK-3β/β-catenin シグナル伝達経路を介して上皮間葉転換を誘導し、転移能を促進する。乳がん、結腸がん、および前立腺がん細胞株では、外因的に添加された Gal-3 は、がんの進行に関与する高度に糖鎖修飾を受けた膜タンパク質である Trop-2 との相互作用によって上皮間葉転換を促進する。Gal-4 はヒト前立腺がん組織で発現レベルが転移および患者の生存率低下と相関している。Gal-8 はヒトの組織や癌腫で広く発現しているガレクチンであり、さまざまな種類の癌における予後不良と関連付けられている。Gal-8 は、免疫調節サイトカインの産生を調節することでがんの進行と転移に寄与し、それによって転移部位へのがん細胞の遊走と浸潤を促進する。

つまりいろいろなところで違った種類のガレクチンががんに関与している分けですが、問題はガレクチンが関与することによる寄与の大きさだと思います。
糖鎖とレクチンは、自然免疫や先天性糖鎖形成異常症(CDG)を除けば、調整役であることが基本であります。
糖鎖とレクチンで勝負しようとした時には、これらが非常に高い寄与率で調整に関わっているような症例に絞り込む必要がありそうに思います。
如何でしょうか??

α2,3-シアリル化がメラノーマの形成や増殖に基本的に重要

Department of Pathology, NYU Grossman School of Medicine, New York, USAらのグループは、メラノーマの糖鎖修飾変化について報告しています。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.08.584072v1.full.pdf

レクチンマイクロアレイを使用して、メラノーマでは母斑と比較してα1,2フコースが減少していることが示されています。
興味深いことに、コア・フコースは母斑では高く、メラノーマでは低下しているのですが、その後転移性メラノーマに変化すると逆に増加するようです。
また、母斑と比較して、メラノーマでは、α2,3-シアリル化が顕著に増加していました。