月: 2022年2月

College of Forestry, Shandong Agricultural University, No. 61, Daizong Street, Taian, 271018 Shandong Chinaらのグループは、ピーナッツの栽培における連作と輪作が与える根圏細菌叢の違いについて報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8854431/

門のレベルでは、連作と輪作を比べると、
バクテリア門では、 プロテオバクテリア（輪作で高い）、クロロフレクサス（輪作で高い）、アキドバクテリウム（輪作で高い）、WPS-2（輪作で顕著に高い）、そしてファーミキューテス（輪作で顕著に低い）、
真菌門では、子嚢菌（輪作で高い）、ケカビ（輪作で顕著に低い）。

属のレベルでは、連作と輪作を比べると、
バクテリア属では、アシディバクター（輪作で高い）、プイア（輪作で高い）、ラルストニア（輪作で顕著に高い）、Clostridium_Sensu_Stricto_1（輪作で顕著に低い）、ツリシバクター（輪作で顕著に低い）、ロンバウシア（輪作で顕著に低い）、ストレプトマイセス（輪作で顕著に低い）、Bryobacter（輪作で低い）、そしてPaeniclostridium（輪作で顕著に低い）、
真菌属では、タラロミセス（輪作で顕著に高い）、ケタマカビ（輪作で顕著に低い）、クサレケカビ（輪作で顕著に低い）、ネオコスモスポラ（輪作で顕著に低い）、Solicoccozyma（輪作で顕著に低い）、そしてPapulaspora（輪作で顕著に低い）。

バクテリアについては、プロテオバクテリアがさまざまな地理的地域の細菌叢と土壌タイプを支配していることが示されてきており、リゾクトニア病を抑制する善玉細菌としても良く知られています。

真菌の場合には、タラロミセスは、シリンドロカルポン根腐病菌、フサリウム・オキシスポルム、リゾクトニア・ソレニなどに対して拮抗的な真菌機能を示し、輪作の根圏土壌におけるフサリウム、ペニシリウム、ジベレラやコトトリカムなどの病原体の相対的な存在量が、連作の場合よりも低下しています。ペニシリウムは、果物、野菜、肉の腐敗を引き起こす可能性のある毒素産生属ですし、フサリウムは、植物の腐敗、茎の腐敗、花の腐敗などを引き起こします。更に、ジベレラは壊滅的な植物病害を引き起こし、人間や動物に有毒な特定の毒素や活性代謝物を生成吸うことが知られています。

これらの観察結果は、長期の連作により、ピーナッツ根圏の細菌叢が変化し、潜在的に善玉なバクテリア属の相対的な存在量が程度減少し、潜在的に病原性の真菌属の相対的な存在量が増加したことを示しています。

Institute for Glycomics, Griffith University, Gold Coast, QLD 4222, Australiaのグループは、HIV感染における糖鎖ｰ糖鎖相互作用の重要性について報告しています。
Host glycocalyx captures HIV proximal to the cell surface via

HIVのエンベロープに存在する糖鎖の役割に関しては、現在次のような事柄が知られています：（1）ヒトの免疫認識からHIVを保護する、（2）三量体エンベロープ構造を安定化させる、（3）糖鎖と宿主細胞側のレクチンとの（静電的）相互作用を介してTリンパ球のトランス感染を媒介する。

良く知られているように、HIVエンベロープには、約30個のN-型糖鎖結合部位が存在し、これらの部位の多くは、Man _5-9GlcNAc₂ -Asn、およびMan₃GlcNAc₂ -Asnコア構造を含むオリゴマンノースN-型糖鎖で主に修飾されています。

HIVの侵入については多くのことが知られていますが、HIVエンベロープとCD4受容体依存性相互作用の前段階に存在すると考えられるウイルスと細胞間の最初の相互作用については、依然としてかなり不明確なままです。

このレポートでは、糖鎖-糖鎖相互作用がHIVと宿主細胞の接触を開始させる、つまり、HIVと宿主細胞ぞれぞれに存在する糖鎖の相互作用が、HIVの代表的な末端N-型糖鎖構造であるオリゴマンノースMan5(Manα1-3Manα1-6[Manα1-3] Manと宿主細胞に存在するGlcNAcの相互作用を介して行われることで、HIVの宿主細胞への接着を増強しているという可能性が示されたのです。

つまり、糖鎖-糖鎖相互作用が、ウイルス感染における新しいクラスの高アフィニティー生体分子間相互作用としてクローズアップされてきたと言えるのです。

SARS-CoV-2オミクロンの二つの変異株（BA.1とBA.2）の変異箇所の違いを下記から参照しました。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35169817/

Endocrinology, Peking University First Hospital, Beijing, Chinaらのグループは、IgGのガラクトース修飾がIFN-γ刺激によって増加し（p <0.05）、IgGのシアル酸修飾がIL-21およびIL-17Aによって増加した（p <0.05）と述べています。なお、このデータは、レクチンマイクロアレイを使用して取得されました。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8818798/

しかし、このことは何を意味するのでしょうか？

Department of Microbiology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USAらのグループは、SARS-CoV-2ガンマやオミクロン変異株に見られる655Y変異が、SARS-CoV-2の感染を加速していると述べています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8776496/

H655Y変異の影響を評価するために、H655Y変異を含む5種の変異株（MiA1、MiA2、NY7、NY13、WA1-655Y）と、H655Y変異を含まないコントロールとしての2種の変異株（WA1とNY6）を用意しました。VeroE6細胞とVero-TMPRSS2細胞を用いて、このウイルスパネルにおけるSipeタンパク質の切断と複製の違いを評価しました。これら655Y変異株の場合、総Spikeタンパク質の90％以上が切断されていました。対照的に、NY6およびWA1コントロールの場合は、切断効率が大幅に低下していました。

さらに、ヒト肺細胞様細胞を655Y（NY7、NY13、WA1-655Y、NY6、およびWA1）を含むウイルスパネルに感染させ、ウイルスの増殖とSpikeタンパク質の切断を評価しました。 WA1-655Yは、WA1野生型と比較して、ヒト気道上皮系でより高い複製効率を示しました。更に、655Yスパイク変異をコードするすべての変異株で、Spikeタンパク質の切断効率が上昇していました。これは、S：655Y多型がSARS-CoV-2Sタンパク質の切断とヒト肺細胞様細胞への細胞侵入に重要な役割を果たしていることを示しています。

参考までに、アルファ変異株に見られるP681H変異と、カッパおよびデルタ変異株に含まれるP681R変異は、スパイク切断の増強をもたらすことが知られていることにも注意する必要があります。

Guangxi Colleges and Universities Key Laboratory of Crop Cultivation and Tillage, College of Agriculture, Guangxi University, Nanning, Guangxi, Chinaらのグループは、アーバスキュラー菌根菌（AMF）のトウモロコシへの接種効果について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8817564/

5種の接種法を比較しています：
Rhizophagusaggreratusを接種したトウモロコシ植物を、 RA 、
Claroideoglomus etunicatumを接種したものを、 CE 、
Funneliformismosseaeを接種したものを、 FM 、
これら3種のAMFを合わせて接種したものを、 MI 、
AMF接種のないコントロールを、 CK としました。

収穫期間中のトウモロコシにおける合計N、P、およびKのレベル（g plant^-1）を測定し分析した結果を以下に示します。MIにおけるN、PおよびKの蓄積が最も高く、AMFとのトウモロコシ共生によって、N、PおよびKの蓄積能力はCKよりも有意に高くなっていることが明確に示されました。

異なるAMF接種は、異なる成長段階でトウモロコシの根の分泌液に異なる影響を及ぼしました。この実験では、トウモロコシの根の分泌液から10種類の有機酸が分離されました。
トウモロコシの成長期における有機酸分泌の総量から、以下のことが分かりました。
FMは、p-ヒドロキシ安息香酸、p-クマル酸、コーヒー酸の分泌を促進し、
CEはシリング酸の分泌を促進し、
RAはクロロゲン酸とコハク酸の分泌を促進し、
逆に、プロトカテク酸、バニリン酸、クエン酸、フェルラ酸のレベルは、CKのレベルより低下していました。

幾つかの研究において、p-ヒドロキシ安息香酸がフサリウム菌の数とフサリウム萎凋病の発生を減らすことができ、バニリン酸が土壌伝染病を抑制し、土壌伝染病を減らすことができ、土壌伝染性病原菌の抑制に重要な役割を果たしているとされるコーヒー酸は、青枯病菌（ラルストニア・ソラナケアルム）の増殖を直接阻害する場合があり、フェルラ酸は強い他感作用を持ち、植物の根の増殖を阻害する場合がある、と報告されています。

従って、AMFは、植物の根からの分泌液中のp-ヒドロキシ安息香酸、バニリン酸、およびコーヒー酸のレベルを上げることにより、土壌伝染病を軽減している可能性があります。トウモロコシの成長におけるこれらの有機酸の役割と、AMF共生後のトウモロコシの成長に対するそれらの影響は、さらに研究されるべきでしょう。

Division of Infectious Diseases, Department of Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, USAらのグループは、オミクロン株を含むSARS-CoV-2変異株の入院患者の重症化率について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8820675/

オミクロン変異体で入院したワクチン未接種の患者は、デルタ変異体の患者と比較して重篤な疾患または死亡を発症するリスクが低下していますが、重症化または死亡のリスクは、パンデミックの初期に流行したSARS-CoV-2系統（Wuhan株）と比較して類似していました。ワクチン接種を受けた患者の間では、患者が入院した後、デルタとオミクロンの亜種の間で重篤な病気を発症するリスクに差はありませんでした。

具体的には

ワクチン接種を受けていない患者では,
入院から14日以内に重篤な疾患または死亡を発症した割合は、（27％）Wuhan株、（31％）アルファ、（32％）デルタ、（26％）オミクロン、および（26％）その他のバリアントとなりました。
Wuhan株と比較したデルタ変異体の14日以内に重篤な疾患または死亡を発症する相対リスクは1.34と増加していました。デルタ変異体と比較して、オミクロンの重篤な疾患または死亡の14日間の相対リスクは0.78と低下していましたが、Wuhan株と比較した場合は、1.04となりほぼ同じでした。

ワクチン接種を受けた患者では,
ワクチン接種を受けた入院患者の14日間の重篤な疾患または死亡のリスクを発症する調整済みハザード比は、ワクチン接種を受けていない入院患者と比較して0.46となり、ほぼ半分でした。重症化する確率はワクチン接種を受けた患者下がっているのですが、オミクロン株とデルタ株の間にはほとんど違いがありませんでした。