アーカイブ: 2022年3月8日

小麦の根圏:小麦の進化とともに、その根圏細菌叢も変化している

Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture, University of Tabriz, Tabriz, Iranらのグループは、小麦の進化に伴って根圏細菌叢も変化していることを示しています。小麦の祖先であるT. uratu とAe speltoides種(1.5から2百万年前)から現在の栽培種であるT. turgidum や T. aestivumに至る系統学的な見地からの進化の歴史とその根圏細菌叢の特徴について、成長期、生殖期での違いも含めて分析しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8881823/

アクチノバクテリアやプロテオバクテリアに属する多くの細菌(科)が、祖先種である (T. urartu, Ae. speltoides)と比べて、栽培種 (T. turgidum and T. aestivum)で顕著に増加していることが分かります(下図参照)。


(A)栽培化された小麦種と(B)野生の小麦種(祖先)における科レベルでの存在量の違いを成長段階ごとに色で示す。オレンジ=成長期、青=生殖期、および緑=両方のステージに共通であることを示す。

COVID-19における重症化に補体の活性化が大きく係わっている:検死サンプル(肺、腎臓)からの知見

Department of Nephropathology, University Hospital Erlangen, Friedrich-Alexander-University (FAU) Erlangen-Nürnberg, Erlangen, Germanyらのグループは、補体の活性化がCOVID-19における重症化に補体の活性化が大きく係わっていると報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8884149/

SARS-CoV-2による炎症性サイトカインの過剰産生に関与する可能性のある1つの経路は、補体系の活性化です。自然免疫系に属するこのシステムは、病原体や損傷した細胞が食細胞に取り込まれたり、白血球を引き付けて活性化したり、膜侵襲複合体(MAC)を介して細菌や細胞を直接溶解したりすることにより、感染に対する防御の重要な要素として機能します。

補体経路については、古典的経路レクチン経路、および代替経路の3つの異なる経路が知られています。
古典的経路は、免疫複合体(抗原-IgMおよび抗原-IgG複合体)およびC1qに結合する他の多くの自己および非自己分子によって活性化され、コンフォメーション変化を引き起こし、セリンプロテアーゼであるC1sおよびC1rを活性化します。
レクチン経路は、血中を循環するレクチン(マンナン結合レクチンやフィコリンなどのコレクチン)によって活性化され、病原体関連分子パターン(PAMP)と呼ばれる微生物表面の特異的な糖鎖パターンを認識し、MAPS-1およびMAPS-2を活性化し、C4をC4aおよびC4bに切断します。
代替経路は常に低レベルでアクティブであり、C3の自発的な加水分解によって開始されます。加水分解されたC3は、セリンプロテアーゼ因子D(CFD)の基質として作用する因子B(CFB)に結合し、C3コンバターゼを形成します。
最終的に、3つの補体経路すべてがC3コンバターゼの活性化につながり、C3をC3aとC3bに切断し、同じ経路を辿ってMACの形成を引き起こします。

この研究では、COVID-19で死亡したヒトと、非COVID-19で死亡したヒトとの検死サンプル(肺、腎臓)との比較研究を通じて、重度のCOVID-患者の肺と腎臓の両方でレクチン経路が活性化されたされていることが示されました。 レクチン経路の活性化は、C4bの分解物であるC4dがMASP-2と同じ局在性を示すことによって確認されました。このようにして、補体の活性化がCOVID-19の全身性悪化に関与している可能性があることが強く示唆されました。

COVID-19重症化の病因:血中のsCLEC-2レベルがCOVID-19重症化と強く関係している

三重県立総合医療センターのグループは、COVID-19重症化の病因として、SARS-CoV-2 Spikeタンパク質が直接的に血小板を活性化する経路の重要性を指摘しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8877880/

COVID-19患者の重症化の根底にある幾つかのメカニズムとして、例えば、サイトカインストーム、原発性肺血栓症、血管内皮損傷、および血小板活性化らが提案されています。 COVID-19の臨床的特徴の1つは、脳卒中や虚血性心疾患などの動脈血栓症の有病率が高いことです。従って、血小板の活性化が病因に関与していると強く推測されます。一方、可溶性C型レクチン様受容体2(sCLEC-2)は、血小板活性化の新しいバイオマーカーとして発見されています。

この研究では、COVID-19の46人の患者のsCLEC-2やD-ダイマーなどの血漿バイオマーカーのレベルを測定し、他の感染症の127人の患者のレベルと比較して、COVID-19の悪化の根底にあるメカニズムを探っています。

血漿sCLEC-2レベルは、細菌感染症の患者よりもCOVID-19感染症の患者で有意に高くなっていました。一方、血漿D-ダイマーレベルは、COVID-19感染よりも細菌感染の患者で有意に高くなっていました。これらの発見は、COVID-19感染が血小板の活性化を促進する傾向があるのに対し、細菌感染はフィブリンの生成を促進する傾向があることを示唆しています。

考えられるCOVID-19重症化の病因:
SARS-CoV-2スパイクタンパク質が、リンパ球のアポトーシスを介して血小板を直接的に活性化し、血栓症を誘発するのではないか!?

SARS-CoV-2 スパイクタンパク質の糖鎖結合特異性について

Department of Medical Laboratory Science and Biotechnology, College of Medicine, National Cheng Kung University, Tainan 70101, Taiwanらのグループは、SARS-CoV-2 スパイクタンパク質の糖鎖結合特異性についてAlphaScreen法を使った解析結果について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8880561/

アッセイ:
ドナービーズ(500 ng/ウェル)およびビオチン化PAA-糖鎖(20 ng/ウェル)をSARS-CoV-2スパイクタンパク質S1またはS2サブユニット(10〜20 ng/ウェル)と混合し、室温で1時間インキュベート。アクセプタービーズ(500 ng/ウェル)とウサギ抗羊IgG Fc抗体(10 ng/ウェル)の混合物を反応液に加え、最終溶液を25μLとする。すべての反応は暗所で行い、2時間のインキュベーション後、AlphaScreenTM検出プログラムを使用して、結合シグナルを測定および分析。

結果:
SARS-CoV-2スパイクタンパク質S1サブユニットは、血液型A抗原に(強く)およびB抗原に(弱く)、スパイクタンパク質S2サブユニットはLewisa抗原に特異的に結合することが示されました。しかし、ブログ管理者の目には、これら以外の糖鎖構造にアフィニティーを持たないという訳ではなく、特にS2サブユニットの特異性はそれほど顕著ではないと映ります。

SARS-CoV-2に対する感染阻害剤として、Pentosan Polysulfate及びMucopolysaccharide Polysulfateが非常に有望

Department of Chemical and Biological Engineering, Center for Biotechnology and Interdisciplinary Studies, Rensselaer Polytechnic Institute, Troy, NY 12180, USAらのグループは、硫酸化糖鎖や強く負に帯電した化合物がSARS-CoV-2に対して強い抗ウイルス活性を示すことを実証しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8875565/

ヘパリン、フコイダン、ラムナン硫酸らがSARS-CoV-2に対する抗ウイルス活性を示すことは従来より良く知られています。本研究においては、pentosan polysulfate (PPS)やmucopolysaccharide polysulfate (MPS)を代表例として、硫酸化糖鎖や強く負に帯電した化合物を含むライブラリーを用いて、そのSARS-CoV-2に対する抗ウイルス活性が評価されています。

in vitroでのSARS-CoV-2疑似型ウイルスに対するPPSおよびMPSの中和効果を評価した結果、SARS-CoV-2 WTおよびDelta変異株に対するPPSのIC50値は0.45および0.07 µg/mL、WTおよびDelta変異株に対するMPSのIC50値は0.42およびそれぞれ0.28 µg/mLとなり(下記参照)、抗ウイルス薬としての可能性が示されました。

非常に乾燥した砂漠の地中深くの細菌叢はどうなっているか?:アタカマ砂漠の例

Departamento de Ingeniería Química, Universidad Católica del Norte, Antofagasta, Chileらのグループは、アタカマ砂漠の非常に乾燥した土壌細菌叢がどのような状態にあるのかを報告しています。根圏細菌叢ではありませんが、乾燥した土壌の細菌叢を理解する上で参考になると思います。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8859261/

非常に乾燥したアタカマ砂漠の土壌において、その深部も含め、土壌細菌の生態がどのようになっているか非常に興味があります。
本研究では、(i)表面ゾーンA(0〜60 cm)、(ii)中間ゾーンB(60〜220 cm)、(iii)深部ゾーンC(220〜340cm)と深さ方向にゾーンニングすることで調査が行われました。
なお、土壌の含水率は、ゾーンAからゾーンCと深くなるにつれて、2〜11%に変化していました。

土壌細菌叢は、調査されたすべての深度ゾーンで、プロテオバクテリア、アクチノバクテリア、バクテロイデス、およびファーミキューテスによって支配されていました。ただし、土壌細菌叢の構成は土壌の深さによって異なってます。
その特徴をまとめると、

  • ファーミキューテスは、ゾーンCよりも表面ゾーンAでわずかに高い検出頻度を示しましたが、ゾーンBでは検出されませんでした。ファーミキューテス内では、LachnospiraceaeとBacillaceaeの検出はゾーンAに限定されていましたが、オシロスピアとSalisediminibacterはゾーンC(より含水慮の多い条件)でのみ検出されました。
  • アクチノバクテリアも異なるニッチを示し、SporichthyaceaeはゾーンBとCの層でのみ検出されましたが、IllumatobacteraceaeはゾーンAにでのみ検出されました
  • 最深部は、プロテオバクテリア、特に、ComamonadaceaeとMarinobacteraceaeによって支配されていました。
  • プロテオバクテリアのSphingomonadaceaeは、ゾーンBのいくつかの層で高い存在量を示しましたが、ゾーンCでは低い存在量を示しました。
  • 注目すべきは、Cyanobacteriaが、土壌プロファイル全体に渡り、低い存在率ですが検出されたということです。

バチルス菌の接種とスクロースの施肥で薬草ダイオウ(大黄)・ルバーブの成長が促進された

Gansu Gaolan Field Scientific Observation and Research Station for Agricultural Ecosystem, Northwest Institute of Eco-Environment and Resources, Chinese Academy of Sciences, Lanzhou 730000, Chinaらのグループは、バチルス菌の接種とスクロースの施肥で、フサリウム菌を抑制しつつ、大黄の成長が促進されることを示しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8835959/

植物成長促進微生物(PGPM)として機能する多くの細菌および真菌種が知られていますが、その中でもバチルス菌は、多様な方法で植物成長を促進できるものとして知られています。バチルス菌は、宿主植物の根にコロニーを形成し、シアン化水素(HCN)、キチナーゼ、およびシデロフォアなどの抗生物質を産生することによって害虫や病原体から植物を防御し、植物ホルモンであるインドール-3-酢酸(IAA)、スペルミジン、2,3-ブタンジオールなどのバイオ化合物を産生することによって植物の成長を促進します。

一般的に言って、土壌は炭素化合物の存在量が制限された状態であり、そのような条件下で活性状態にあるのは土壌細菌全体の5%未満にしかすぎません。炭素源、特に最も一般的なスクロースは、成長に必要な直接的なエネルギー源として細菌に影響を与える可能性があります。そこで、本研究においては、バチルス菌がスクロースなどの低分子炭素化合物の添加によってどのように反応し、PGPMとして根圏の生態系にどのような共効果を及ぼすかについて検討が行われました。

バチルス amyloliquefaciens EZ99接種における3種の濃度(LB = 1.0×105、MB = 1.0×106、およびHB = 1.0×107コロニー形成単位(CFU)/mL、3種のスクロース濃度(LS = 0.15、MS = 1.5、およびHS = 15 g/L)の組み合わせを用いて、大黄の成長と収量が比較されました。

HB処理は、コントロール(CK)と比較して大黄の成長(植物の長さ、樹冠の重さ、葉の長さ、葉の重さ)を増加させましたが、高濃度のスクロース処理(HS)との組み合わせでは逆に成長が抑制され、高濃度のスクロース(15 g/L)処理が、高濃度のバチルス菌接種(1.0×107 CFU/mL)による植物成長促進機能を抑制したことを示しています。そして更に、大黄の根の生重量は、LB + LSおよびLB + MS処理下で最も有意に促進されていました(下図参照)。

本実験で見られた特徴的な違いは次のようにまとめられます:

  • ルバーブの主成分である8種類のアントラキノンの蓄積量がぞれぞれの処理下で異なっていました。LB + LS処理において、高レベルのオーランチオオブツシン-6-O-グルコシドとトラクリソン-8-O-グルコシドの蓄積が見られ、トラクリソンとラッカイン酸Dのレベルが低下していました。LB処理のルバーブにおいては、2-アセトキシメチル-アントラキノンのみが蓄積していました。
  • LB + LS処理において、土壌養分の総含有量に有意な変化はありませんでしたが、土壌中でのカリウムと養分循環の生物学利用能を仲介する可能性のある総カリウムの含有量が大幅に増加していました。
  • 根圏細菌叢に関しては、スクロース添加はLS処理下においてほとんど影響を与えませんでしたが、LB + LS処理では、バチルス菌の接種によってその多様性に変化が見られました。
  • 真菌細菌叢に関しては、子嚢菌門とモルティエロ菌門が2つの最も豊富な門であり、真菌全体の相対的な存在量の92.5%以上を占めていました。最も豊富な子嚢菌門は、コントロールで最も濃縮されており(79.1%)、LB + LS処理で最も減少していました(71.6%)。属レベルでは、コントロールと比較して、最も優勢な真菌属であるフサリウムが減少し、2番目の優勢な真菌属であるモルティエラがすべての処理で増加しており、LB + LS処理で最も増加していました。

ピーナッツの栽培における連作と輪作の根圏細菌叢の違い:連作では、善玉菌が減少し、病原性真菌が増える傾向がある

College of Forestry, Shandong Agricultural University, No. 61, Daizong Street, Taian, 271018 Shandong Chinaらのグループは、ピーナッツの栽培における連作と輪作が与える根圏細菌叢の違いについて報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8854431/

門のレベルでは、連作と輪作を比べると、
バクテリア門では、 プロテオバクテリア(輪作で高い)、クロロフレクサス(輪作で高い)、アキドバクテリウム(輪作で高い)、WPS-2(輪作で顕著に高い)、そしてファーミキューテス(輪作で顕著に低い)、
真菌門では、子嚢菌(輪作で高い)、ケカビ(輪作で顕著に低い)。

属のレベルでは、連作と輪作を比べると、
バクテリア属では、アシディバクター(輪作で高い)、プイア(輪作で高い)、ラルストニア(輪作で顕著に高い)、Clostridium_Sensu_Stricto_1(輪作で顕著に低い)、ツリシバクター(輪作で顕著に低い)、ロンバウシア(輪作で顕著に低い)、ストレプトマイセス(輪作で顕著に低い)、Bryobacter(輪作で低い)、そしてPaeniclostridium(輪作で顕著に低い)、
真菌属では、タラロミセス(輪作で顕著に高い)、ケタマカビ(輪作で顕著に低い)、クサレケカビ(輪作で顕著に低い)、ネオコスモスポラ(輪作で顕著に低い)、Solicoccozyma(輪作で顕著に低い)、そしてPapulaspora(輪作で顕著に低い)。

バクテリアについては、プロテオバクテリアがさまざまな地理的地域の細菌叢と土壌タイプを支配していることが示されてきており、リゾクトニア病を抑制する善玉細菌としても良く知られています。

真菌の場合には、タラロミセスは、シリンドロカルポン根腐病菌、フサリウム・オキシスポルム、リゾクトニア・ソレニなどに対して拮抗的な真菌機能を示し、輪作の根圏土壌におけるフサリウム、ペニシリウム、ジベレラやコトトリカムなどの病原体の相対的な存在量が、連作の場合よりも低下しています。ペニシリウムは、果物、野菜、肉の腐敗を引き起こす可能性のある毒素産生属ですし、フサリウムは、植物の腐敗、茎の腐敗、花の腐敗などを引き起こします。更に、ジベレラは壊滅的な植物病害を引き起こし、人間や動物に有毒な特定の毒素や活性代謝物を生成吸うことが知られています。

これらの観察結果は、長期の連作により、ピーナッツ根圏の細菌叢が変化し、潜在的に善玉なバクテリア属の相対的な存在量が程度減少し、潜在的に病原性の真菌属の相対的な存在量が増加したことを示しています

HIV感染におけるウイルスエンベロープの糖鎖と宿主細胞表面の糖鎖との相互作用の重要性

Institute for Glycomics, Griffith University, Gold Coast, QLD 4222, Australiaのグループは、HIV感染における糖鎖ー糖鎖相互作用の重要性について報告しています。
Host glycocalyx captures HIV proximal to the cell surface via

HIVのエンベロープに存在する糖鎖の役割に関しては、現在次のような事柄が知られています:(1)ヒトの免疫認識からHIVを保護する、(2)三量体エンベロープ構造を安定化させる、(3)糖鎖と宿主細胞側のレクチンとの(静電的)相互作用を介してTリンパ球のトランス感染を媒介する。

良く知られているように、HIVエンベロープには、約30個のN-型糖鎖結合部位が存在し、これらの部位の多くは、Man 5-9GlcNAc2 -Asn、およびMan3GlcNAc2 -Asnコア構造を含むオリゴマンノースN-型糖鎖で主に修飾されています。

HIVの侵入については多くのことが知られていますが、HIVエンベロープとCD4受容体依存性相互作用の前段階に存在すると考えられるウイルスと細胞間の最初の相互作用については、依然としてかなり不明確なままです。

このレポートでは、糖鎖-糖鎖相互作用がHIVと宿主細胞の接触を開始させる、つまり、HIVと宿主細胞ぞれぞれに存在する糖鎖の相互作用が、HIVの代表的な末端N-型糖鎖構造であるオリゴマンノースMan5(Manα1-3Manα1-6[Manα1-3] Manと宿主細胞に存在するGlcNAcの相互作用を介して行われることで、HIVの宿主細胞への接着を増強しているという可能性が示されたのです。

つまり、糖鎖-糖鎖相互作用が、ウイルス感染における新しいクラスの高アフィニティー生体分子間相互作用としてクローズアップされてきたと言えるのです。

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