SARS-CoV-2オミクロンの二つの変異株（BA.1とBA.2）の変異箇所の違いを下記から参照しました。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35169817/
最も効果的に善玉菌を根圏に定着させる方法：推奨される接種法は、グラム陰性細菌とグラム陽性細菌でも違う
Department of Agronomy and Horticulture and Center for Plant Science Innovation, University of Nebraska – Lincoln, Lincoln, NE, USAらのグループは、植物にとっての善玉菌を根圏に定着させる接種法について比較検討をしています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8826558/
植物成長促進細菌の接種方法は、宿主となる植物の根圏における根圏細菌のコロニー形成に影響を及ぼし、結果として植物成長に影響を与える可能性がある重要な要因です。種子接種は、農業生産に適しており、野外条件下で、商業規模で最も広く使用されています。種子にコーティングされたバクテリアの生存率を高めるために、泥炭スラリーなどのキャリアまたはアルギン酸塩ポリマーからなるフィルムコートは、乾燥や温度変化などの環境ストレスから接種する細菌を保護する層として良く使用されます。一方、植え付けの前後に土壌に細菌を接種する為には、土壌ドレンチ、または畝と畝の間のあぜへの接種が行われます。この方法は、種子にコーティングされた化学物質によって接種細菌が阻害されるのを防ぎ、種子の大きさに制約されることなく、より高密度で接種細菌を使用できるため、種子接種に比べていくつかの利点があります。また、葉面への散布と根の浸漬は、接種法として最も一般的に使用される方法でもあります。
このレポートでは、5種類の接種方法「すなわち、苗のプライミング、土壌ドレンチ、および3つの種子コーティング方法（直接種子コーティング、アルギン酸塩種子コーティング、および12時間コーティング）」を、3つの異なる細菌株をモロコシの根圏に定着させる効果について比較検討しています。
使用した根圏細菌は野外で栽培されたモロコシの根圏から分離された3種類であり、根の内球に由来するChitinophaga pinensis（グラム陰性細菌）、および土壌由来の Caulobacter rhizosphaerae（グラム陰性細菌）とTerrabacter sp.（グラム陽性細菌）でした。
滅菌した温室内の環境では：
他の接種方法と比較して、苗のプライミングによるC. rhizosphaerae、およびC. pinensisの接種にて、より大きな根の成長促進効果が得られました。実際、C. rhizosphaeraeによるの根の成長促進効果は、この効果がわずかに有意であるにもかかわらず、苗のプライミングでのみ検出可能でした。 C. pinensisの場合、アルギン酸塩コーティングで有意な根の成長促進効果も観察され、12時間のコーティングではわずかな効果に留まりました。 土壌ドレンチ法を用いてC. rhizosphaeraeおよびC. pinensisを接種した場合、有意な根の成長促進効果は測定されませんでした。使用した3つのバクテリアのうち、C. pinensisとTerrabacter sp.のみが有意なシュート成長促進効果を示しました。 C. pinensisからの有意なシュート成長促進効果は、苗のプライミング、アルギン酸塩コーティング、および12時間のコーティング方法で接種されたときに測定されました。 Terrabacter sp.の場合には、同様な種子コーティング方法で接種された場合には効果がありましたが、苗のプライミングでの接種では効果が限定的でした。
屋外での栽培では：
野外栽培に適した2つの接種方法、アルギン酸塩コーティングと12時間コーティング、を野外条件下でテストしました。 C. rhizosphaeraeとC. pinensisは、野外での接種後12週間まで根圏で検出され、接種された植物の根圏のDNAコピー数は、温室内実験のそれと比較して低く、接種されていないコントロールと有意差はありませんでした。Terrabacter sp.は、どのサンプリング時点でも検出されませんでした。これは、種子をコーティングするために使用された細菌分離株の濃度（種子あたり103 –104 CFU）が低すぎて、自然に存在する無数の細菌群との競争に勝ち残れていないためであると考えられます。
滅菌した温室内では、種子を細菌懸濁液でコーティングするグラム陽性細菌の接種法で、コロニー形成が出来ていましたが、屋外での結果は決定的ではありませんでした。グラム陰性細菌の場合では、苗のプライミングを使用した直接接種が、種子のコーティングよりも高いコロニー形成効率をもたらすようです。
血中のC-マンノシル・トリプトファン（CMW）が、卵巣がんの優れた診断マーカーになり得る
和歌山県立医科大学らのグループは、C-マンノシル・トリプトファンの診断領域での応用について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6924205/
C-マンノシル・トリプトファン（CMW）は、ヒトの尿から最初に単離されたグリコシル化アミノ酸であり、α-マンノースがC-C結合を介してトリプトファン残基のインドールC2炭素に結合している独特の糖鎖構造を持っています。 CMWは、翻訳後修飾としてヒトリボヌクレアーゼ2（RNase2）でも同定されました。
医療分野では、2型糖尿病に関連する腎疾患を含む腎機能障害のある患者で血中CMWが上昇することが最初に報告されています。癌生物学では、R-スポンジン2のC-マンノシル化が様々なヒト腫瘍細胞におけるWnt/β-カテニンシグナル伝達および遊走活性を活性化することが最近報告されました。この研究は、R-スポンジン2のC-マンノシル化が癌の進行の促進に関与していることを示唆しました。更に、C-マンノシル化の基質タンパク質であるスポンジン2（ミンディン）は、卵巣がん患者の血液中で増加していました。これらの研究は、プロテインC-マンノシル化とCMWが癌進行の病態生理学的プロセスに関与している可能性があることを示唆しています。
本研究においては、卵巣がんの血中CMWが、健常者と比較して、ボーダーおよび良性腫瘍群よりも悪性腫瘍群で有意に高くなってることが示されました。血中CMWのROC分析では、悪性腫瘍をボーダー/良性腫瘍から明確に区別できました（AUC = 0.905）。診断性能は従来のマーカーであるCA125（AUC = 0.835）より優れており、CMW + CA125の組み合わせでは、更に優れた診断能力が得られました（AUC = 0.913、感度＝81.8％、特異度＝87.5％）。
なお、サンプル中のCMWは、液クロ法によって分析および定量化されました。サンプルをUPLCシステムに注入し、蛍光を測定することでCMWが定量されました（285nmでの励起/ 350 nmでの発光）。
病原性のないフサリウム・オキシスポルム変異株を使って、フサリウム青枯病を抑え、植物の生長を促進する
農研機構らのグループは、非病原性のフサリウム・オキシスポルム（F. oxysporum）の菌株が、病原性を持つフサリウム・オキシスポルム野生型菌株に対して示す生物的防除活性について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8828976/
非病原性のF. oxysporumを使用してフサリウム病を防除するというアイデアは、フサリウム青枯病を自然に抑制するという土壌の研究から生まれました。
このレポートでは、以下の菌株を使用して、病原性フサリウム野生型に対する非病原性フサリウムの変異株の生物的防除活性を実証しています。
病原性フサリウム野生型菌株：F. oxysporum f. sp. melonis株 Mel020120 、およびF. oxysporum f. sp. lycopersici菌株 CK3-1
非病原性フサリウム菌株：F. oxysporum MFG6 、ΔFOW2 Mel02010 MF2-1 、およびΔFOW2 CK3-1 LF2-1
下図に示すように、非病原性フサリウム菌株の病原性フサリウム野生型菌株に対する生物的防除活性が明確に示されています。
非病原性株を根に事前接種することが非常に効果的です。実際、病原性フサリウム野生型株の分生子発芽および菌糸伸長は、非病原性フサリウム株を事前に接種した根の表面で著しく阻害されていることが別途示されています。
IgGの糖鎖修飾がサイトカイン（IFN-γ、IL-21、IL-17Aら）の影響を受けて変化する
Endocrinology, Peking University First Hospital, Beijing, Chinaらのグループは、IgGのガラクトース修飾がIFN-γ刺激によって増加し（p <0.05）、IgGのシアル酸修飾がIL-21およびIL-17Aによって増加した（p <0.05）と述べています。なお、このデータは、レクチンマイクロアレイを使用して取得されました。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8818798/
しかし、このことは何を意味するのでしょうか？
SARS-CoV-2 オミクロンに見られるH655Y変異がSpikeタンパク質の切断を加速する
Department of Microbiology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York, NY 10029, USAらのグループは、SARS-CoV-2ガンマやオミクロン変異株に見られる655Y変異が、SARS-CoV-2の感染を加速していると述べています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8776496/
H655Y変異の影響を評価するために、H655Y変異を含む5種の変異株（MiA1、MiA2、NY7、NY13、WA1-655Y）と、H655Y変異を含まないコントロールとしての2種の変異株（WA1とNY6）を用意しました。VeroE6細胞とVero-TMPRSS2細胞を用いて、このウイルスパネルにおけるSipeタンパク質の切断と複製の違いを評価しました。これら655Y変異株の場合、総Spikeタンパク質の90％以上が切断されていました。対照的に、NY6およびWA1コントロールの場合は、切断効率が大幅に低下していました。
さらに、ヒト肺細胞様細胞を655Y（NY7、NY13、WA1-655Y、NY6、およびWA1）を含むウイルスパネルに感染させ、ウイルスの増殖とSpikeタンパク質の切断を評価しました。 WA1-655Yは、WA1野生型と比較して、ヒト気道上皮系でより高い複製効率を示しました。更に、655Yスパイク変異をコードするすべての変異株で、Spikeタンパク質の切断効率が上昇していました。これは、S：655Y多型がSARS-CoV-2Sタンパク質の切断とヒト肺細胞様細胞への細胞侵入に重要な役割を果たしていることを示しています。
参考までに、アルファ変異株に見られるP681H変異と、カッパおよびデルタ変異株に含まれるP681R変異は、スパイク切断の増強をもたらすことが知られていることにも注意する必要があります。
アーバスキュラー菌根菌のトウモロコシへの接種効果について
Guangxi Colleges and Universities Key Laboratory of Crop Cultivation and Tillage, College of Agriculture, Guangxi University, Nanning, Guangxi, Chinaらのグループは、アーバスキュラー菌根菌（AMF）のトウモロコシへの接種効果について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8817564/
5種の接種法を比較しています：
Rhizophagusaggreratusを接種したトウモロコシ植物を、 RA 、
Claroideoglomus etunicatumを接種したものを、 CE 、
Funneliformismosseaeを接種したものを、 FM 、
これら3種のAMFを合わせて接種したものを、 MI 、
AMF接種のないコントロールを、 CK としました。
収穫期間中のトウモロコシにおける合計N、P、およびKのレベル（g plant-1）を測定し分析した結果を以下に示します。MIにおけるN、PおよびKの蓄積が最も高く、AMFとのトウモロコシ共生によって、N、PおよびKの蓄積能力はCKよりも有意に高くなっていることが明確に示されました。
異なるAMF接種は、異なる成長段階でトウモロコシの根の分泌液に異なる影響を及ぼしました。この実験では、トウモロコシの根の分泌液から10種類の有機酸が分離されました。
トウモロコシの成長期における有機酸分泌の総量から、以下のことが分かりました。
FMは、p-ヒドロキシ安息香酸、p-クマル酸、コーヒー酸の分泌を促進し、
CEはシリング酸の分泌を促進し、
RAはクロロゲン酸とコハク酸の分泌を促進し、
逆に、プロトカテク酸、バニリン酸、クエン酸、フェルラ酸のレベルは、CKのレベルより低下していました。
幾つかの研究において、p-ヒドロキシ安息香酸がフサリウム菌の数とフサリウム萎凋病の発生を減らすことができ、バニリン酸が土壌伝染病を抑制し、土壌伝染病を減らすことができ、土壌伝染性病原菌の抑制に重要な役割を果たしているとされるコーヒー酸は、青枯病菌（ラルストニア・ソラナケアルム）の増殖を直接阻害する場合があり、フェルラ酸は強い他感作用を持ち、植物の根の増殖を阻害する場合がある、と報告されています。
従って、AMFは、植物の根からの分泌液中のp-ヒドロキシ安息香酸、バニリン酸、およびコーヒー酸のレベルを上げることにより、土壌伝染病を軽減している可能性があります。トウモロコシの成長におけるこれらの有機酸の役割と、AMF共生後のトウモロコシの成長に対するそれらの影響は、さらに研究されるべきでしょう。
SARS-CoV-2 オミクロン株の重症化率は、デルタ株よりも低いが、Wuhan株とはほぼ同じ
Division of Infectious Diseases, Department of Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, USAらのグループは、オミクロン株を含むSARS-CoV-2変異株の入院患者の重症化率について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8820675/
オミクロン変異体で入院したワクチン未接種の患者は、デルタ変異体の患者と比較して重篤な疾患または死亡を発症するリスクが低下していますが、重症化または死亡のリスクは、パンデミックの初期に流行したSARS-CoV-2系統（Wuhan株）と比較して類似していました。ワクチン接種を受けた患者の間では、患者が入院した後、デルタとオミクロンの亜種の間で重篤な病気を発症するリスクに差はありませんでした。
具体的には
ワクチン接種を受けていない患者では,
入院から14日以内に重篤な疾患または死亡を発症した割合は、（27％）Wuhan株、（31％）アルファ、（32％）デルタ、（26％）オミクロン、および（26％）その他のバリアントとなりました。
Wuhan株と比較したデルタ変異体の14日以内に重篤な疾患または死亡を発症する相対リスクは1.34と増加していました。デルタ変異体と比較して、オミクロンの重篤な疾患または死亡の14日間の相対リスクは0.78と低下していましたが、Wuhan株と比較した場合は、1.04となりほぼ同じでした。
ワクチン接種を受けた患者では,
ワクチン接種を受けた入院患者の14日間の重篤な疾患または死亡のリスクを発症する調整済みハザード比は、ワクチン接種を受けていない入院患者と比較して0.46となり、ほぼ半分でした。重症化する確率はワクチン接種を受けた患者下がっているのですが、オミクロン株とデルタ株の間にはほとんど違いがありませんでした。
チョウセンバイモ（ユリ科の属のひとつ）の根圏における根圏細菌叢の健康状態に伴う変化
College of Forestry, Northeast Forestry University, Harbin, Chinaらのグループは、チョウセンバイモ（ユリ科の属のひとつ）の健康状態によって、根圏細菌叢に特徴的な変化が現れることを報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8796711/
チョウセンバイモの様々な健康状態での根圏細菌叢の組成の違いから、存在量として上位7つの真菌属、および上位15の細菌属を、健康（H）、病的（P）、および最悪状態（B）のサンプルから選別してきました。
真菌属レベルでの相対的な存在量の違いからは、モルティエラ、フサリウム、ロイコスポリジウム、ムラキア、ゲオマイセス、フミコラ、およびイヨネクトリアがより多く存在しており、その中でモルティエラが最も高い存在量を示しました（22.86％）。健康なサンプルと比較して、モルティエラの存在量は病気のサンプル（PおよびB）で有意に増加しました。 フサリウムとフミコラの存在量は、病気の重症度が増すにつれて大幅に増加し（H→P→B）、最悪状態のサンプルで存在量が最も高くなりました（それぞれ15.49％と5.60％）。逆に、ムラキアとゲオマイセスの存在量は病気のサンプルで大幅に減少し、健康なサンプルで最も存在量が多くなりました。
根圏細菌の場合には、健康なサンプル（H）で、RB41（4.74％）とアルスロバクター（3.30％）が非常に多く、病気の重症度が増すにつれて（H→P→B）、存在量は大幅に減少しました。病気のサンプル（PおよびB）においては、スフィンゴモナス、ブリオバクター、ジェマティモナス、バチルス、エリン6067、ペドバクター、アシドサーマス、およびアシディバクターの相対的な存在量は、健康なサンプルよりも有意に高くなっていました。更に、病的なサンプルでは、ブリオバクター、アシディバクター、シュードモナス、マッシリア、およびハリアンギウムの量が増加していました。
レクチンマイクロアレイを用いて甲状腺癌におけるBRAF遺伝子異常をNeuregulin 1 (NRG1)の糖鎖プロファイルの変化から検出する
Department of Head and Neck Surgery, Fudan University Shanghai Cancer Center, Shanghai, Chinaらのグループは、レクチンマイクロアレイを用いて甲状腺癌におけるBRAF遺伝子異常をNeuregulin 1 (NRG1)の糖鎖プロファイルの変化から検出しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8798758/
この研究では、レクチンマイクロアレイを用いて血清NRG1の複数の糖鎖プロファイルを分析することにより、甲状腺乳頭がん（PTC）患者のBRA FV600E変異体の状態を検出できるかどうかを評価しています。
NRG1の過剰発現はさまざまな癌に関連していることが報告されています。NRG1タンパク質はERBB3またはERBB4タンパク質に結合し、ERBB受容体型チロシンキナーゼを活性化した後、PI3K/AKT経路を含むシグナルカスケードを活性化します。このNRG1ですが、報告されているように、血中に分泌される可能性があります。
そこで、レクチンマイクロアレイを使用して、BRAF（+）PTCおよびBRAF野生型（-）PTC患者の血清からのNRG1の様々な糖鎖プロファイルの変化を分析しました。レクチンマイクロアレイは、糖鎖プロファイルを取得するための迅速で高感度なハイスループット技術であり、コア基質から糖鎖を遊離させることなく糖タンパク質を直接分析することができます。
LEL、BPL、およびNMLは、BRAF（-）コントロールと比較してBRAF（+）PTC患者のNRG1に結合する傾向があることがわかりました。
