National Health Research Institutes, Miaoli, Taiwanらのグループは、ヒトのC-type LectinであるCLEC18Aを導入した熱帯縞蚊を作り、デングウイルスの感染抑制効果を確認しました。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.640367/full
ヒトのC-type lectinであるCLEC18Aは、デングウイルス（DENV）に特異的な糖鎖に結合し（詳細な糖鎖結合特性構造は不明、C-type lectinは、一般的にhigh mannose, Gal/GalNAcを認識する）、Type I Interferonの分泌を促し、自然免疫における主要なプレーヤーの一つです。CLEC18Aを発現させた熱帯縞蚊においては、下図のようにDENVの感染増殖が70%ほど抑制されることが示されました。このことは、遺伝子改変した蚊を使うことで、DENVの蔓延を抑制できる可能性があることを示唆します。
National Institute of Immunology, New Delhiらは、COVID-19の軽症者の免疫記憶とSARS-CoV-2に感染していない健常者のSARS-CoV-2に対する交差反応について報告しています。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.636768/full
COVID-19軽症者においては、感染後5カ月（中央値＝3カ月）は、SARS-CoV-2に対する免疫記憶がCD4＋T細胞反応としてみられると報告しています。一方、SARS-CoV-2に感染していない人のSARS-CoV-2に対する免疫反応は、Spikeタンパク質に対しては殆ど起こらず、SARS-CoV-2に対して免疫反応を示した66％の人のCD4＋T細胞は、Nタンパク質をターゲットとしていました。SARS-CoV-2に感染した人では、逆にCD4＋T細胞はNタンパク質よりもSpikeタンパク質をターゲットとしていました。
SARS-CoV-2未感染者のCD4＋T細胞がどの程度SARS-CoV-2の感染を抑制し、COVID-19の重症化を押さえるのかについては、更に詳細な研究が必要です。
Université Côte d’Azur, Niceらのグループは、高タンパク尿がCOVID-19重症化のバイオマーカーになり得ると報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7985082/
高タンパク尿（>0.3 g/g）が以下のような項目と高い相関をしてしています。
ICU入室率：[OR = 4.72, IC95 (1.16–23.21), p = 0.03],
急性呼吸不全 (ARDS) [OR = 6.89, IC95 (1.41–53.01, p = 0.02)],
より長い入院日数 [19日 (9–31) 対 低タンパク尿ケースで 7日 (5–11), p = 0.001]
京都大らのグループは、カンジダ・アルビカンスの細胞膜上のN型糖鎖(mannose core）が抗炎症的に働くことを敗血症にて実証しています。
https://www.nature.com/articles/s42003-021-01870-3
Lipopolysaccharide（LPS）を用いてマウスに敗血症を誘起し、カンジダ・アルビカンス（J-1020株）の細胞膜上のN型糖鎖（マンノース構造）が抗炎症的に働くことを実証しています。J-1020からマンノタンパク質を抽出し、LPSにて敗血症を起こしているマウスに投与すると生存率が劇的に高くなります。この時に、抗炎症性サイトカインであるIL-10らがJ-1020の投与で高発現していることが確認されました。J-1020のマンノタンパク質がC-Type LectinであるDectin-2に結合することでこの一連の現象が起きているらしいことも確かめられました。Dectin-2をKOすると、生存率は急減し、J-1020を投与してもIL-10の分泌は上昇しませんでした。また、Dectin-2と特異的に相互作用するN型糖鎖の構造は、mannose coreであるらしきことも確認されました。
University of Milanらのグループは、SARS-CoV-2の紫外線（UV-C: 254nm）照射によるウイルスの不活化について報告しています。
https://www.nature.com/articles/s41598-021-85425-w
V6細胞を標的として、感染多重度（MOI）0.05、5、1000のいずれかでSARS-CoV-2が投与されたサンプルに対して紫外線を照射しています。0.05 MOIは低レベルのウイルス汚染に相当し、5 MOIはウイルス感染した患者の唾液に見られる平均濃度、1000 MOIは非常に高い濃度であり、末期のCOVID-19患者で観察された濃度に対応します。
0.05 MOIから5 MOIの領域では、4MJmJ/cm2と非常に弱い紫外線でウイルスの完全な不活性化が達成できました。最高のウイルス入力濃度（1000 MOI）でも、16.9 mJ/cm2以上の線量で完全に不活化されました。
Weill Cornell Medicine, New Yorkのグループは、2020年4月から6月にかけて実施された抗体検査の結果から、serum IgGと年齢の相関関係を調査した結果を報告しています。
https://jamanetwork.com/journals/jamanetworkopen/fullarticle/2777743
85名のSARS-CoV-2陽性の子供達、及び3648名のSARS-CoV-2陽性の大人達について、serum IgGと年齢との関係を相関図として示したものが下記です。非常に興味深い結果が得られています。serum IgGの量が、20歳辺りを境に年齢と逆相関しているのが分かります。何故、19歳から25歳辺りで、IgGの量が最も低くなるのかについては、現在不明です。
University of Copenhagenらは、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）へのO型糖鎖修飾について報告しています。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.03.429627v2
サンプルとしては、昆虫およびHEK293Fで発現したSARS-CoV-2のSpikeタンパク質を使用し、N型糖鎖をPNGase Fで除去し、更にneuraminidaseを用いてシアル酸も除去しています。糖鎖解析には、ETD/HCD LC-MS/MSを使用しています。下記にHEK293 Fの場合のO型糖鎖修飾の様子を抜粋します。相対的にTn抗原よりもT抗原の方が多いようです、但し、シアル酸修飾の状態は不明です。
University of Wisconsin-Madisonらは、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のO型糖鎖について、MS解析を行った結果を報告しています。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.28.433291v1
O型糖鎖を解析するために、PNGase Fを用いてHEK293で発現させたSARS-CoV-2のSpikeタンパク質からN型糖鎖を除去し、イオントラップ質量分析 (TIMS)、超高感度フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析 (FTICR) を組み合わせて解析しています。
結果としては、Sialyl-T-antigenが大半を占めているようです。
Université de Nantesらのグループは、抗TnとCOVID-19との関係性について報告しています。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.641460/full
Tn抗原（α-GalNAc）は、A血液型抗原（GalNAcα1-3(Fucα1-2)Galβ1-4GlcNAc）との構造的類似性が存在することを考慮すると、抗Tnのレベルが、血液型OおよびBと比較して血液型Aの個体で実際に低いことは容易に理解されます。抗Tnのレベルが、SARS-CoV-2に感染しCOVID-19を発症しているヒトで低いことに対しては、抗Tnが少ないと発症しやすいということを意味し、血液型Aの人が血液型OのヒトよりもSARS-CoV-2に感染しやすいという既報と矛盾しない結果です。
https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2020283?articleTools=true
なお、抗T, 抗core-3, 抗Lec, 抗GlcNAcLac, 抗Gb3については、どの場合でもほとんど変化はないとのことです。
Beijing Proteome Research Centerらのグループは、新型コロナウイルス（COVID-19）患者と健常者の尿から、その比較プロテオーム解析を行い、COVID-19に特徴的な尿中マーカーを報告しています。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33688631/
健常者の尿からは、2656種のタンパク質が同定されました。健常者、COVID-19、回復者に共通するタンパク質は1008種ありました。COVID-19患者に特有なタンパク質が211種、回復者に特有なタンパク質が63種みつかったようです。
COVID-19で上昇するタンパク質もあれば、逆に減少するタンパク質もあります。
代表的な例としては、下記があげられます。しかし、当ブログ管理人の観点からは、尿のプロテオームが診断として有効かどうかには疑問があります（重症だけ識別できてもね、という思いがあるからです）。診断というよりもCOVID-19の病態解明に寄与しそうに思います。回復しても健常者と同じレベルには回復していないというのは、COVID-19の後遺症の重さが関係しているのでしょう。
IGLV1-40: 重症のCOVID-19で14倍増加
FKBP1A: 重症のCOVID-19で13倍増加
LUNA: 重症のCOVID-19で37倍増加
PARK7: 重症のCOVID-19で7倍増加
CD9: 重症のCOVID-19で1/12に減少
EGF: 重症のCOVID-19で1/25に減少
MME: 重症のCOVID-19で1/18に減少
CUBN: 重症のCOVID-19で1/19に減少
