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新型コロナウイルス（COVID-19）においては、気管支肺胞洗浄液中に多量のマクロファージが存在することから、重症化に大きくマクロファージが関わっていることが示唆されています。マクロファージは、単なる食細胞ではなく、数多くのサブセットを持っており、それぞれに特有な機能があることが分かってきています。
下記のグループは、マクロファージにおける転写因子（MAFBとMAF）がCOVID-19の重症化に大きく関わっていることを報告しています。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.603507/full

転写因子であるMAFBは病原性の繊維化促進性のSPP1+マクロファージのサブセットを昂進し、転写因子MAFは炎症性のFCN1+マクロファージサブセットを抑制する機能があります。COVID-19が重症化すると、MAFB/MAF比が大きくなっていることが分かりました。即ち、肺組織の炎症を加速し、同時に繊維化も加速される方向にマクロファージのサブセット群が制御されているということです。
従って、COVID-19の治療に際しては、MAFBを沈黙させ、MAFを過剰に発現させるように誘導することが有効であると結論しています。

ブログ管理人はお医者さんではないのですが、以下の症例報告は、新型コロナウイルス（COVID-19）に罹って重症化してしまった時には役に立つかもしれません。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213007120305323?via%3Dihub

一般的に、炎症を抑えるためにステロイド剤は良く使われますが、長期に使用すると副作用が大きく、COVID-19ではウイルスの排除が遅くなるという副作用があります。
しかし、COVID-19が重症化した後期に、MP (methyl-prednisolone）を高濃度で短期間（1000mg、三日間）にパルス療法を行うと非常に効果的であったという4件の症例報告がありました。
全員が回復して退院しています。

ご家族に伝えておくと良いかもですね。

HIVは、SARS-CoV-2と同じようにエンベロープタンパク質を持つウイルスであり、そのタンパク質の構造や糖鎖修飾については、数多くの研究報告があります。HIVのエンベロープタンパク質は、gp160と呼ばれ、二つのサブユニット, gp41とgp120, からなります。HIVの感染は、gp120がT細胞のCD4受容体に結合することで開始されます。gp120には、27個のN型糖鎖修飾部位があり、強くハイマンノース型の糖鎖修飾を受けていることが知られています。

Univ. of Alabama at Birminghamのグループは、gp120の糖鎖が感染力および中和抗体に与える影響について報告しています。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33205023/

結果として、N262糖鎖修飾がある場合に、感染力が7～9倍増加することが確認されました。
また、HIVの中和抗体に対しては、N262糖鎖修飾があると中和能力が減少することが分かりました。
特にPGT151, 35022, 2G12, VRC24, PG16, PGT145では、中和能力が大きく減少することが示されました。

本論では、分子動力学モデルを使いながら、これら変化の背景にあるメカニズムを議論しています。

新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の由来について、特筆すべき論文があります。
https://zenodo.org/record/4073131?fbclid=IwAR2VprdWCGzl8NlNpzWPz0QudcBRHZ0dnPPCZNz8Yg2oGfleP1_ZxoipzEI

議論の中心点は、以下です。

SARS-CoV-2に遺伝子配列が近いものとしては、horseshoe batを宿主とするRaTG13(96.2%）およびpangolinを宿主とするMP789(90.1%)らがあります。
しかし、

1. 自然発生的な遺伝子変異のsyn/non-syn ratioは、Sタンパク質の全領域に渡って大きく変動してはならないのに、SARS-CoV-2 vs RaTG13では、桁違いに比率が変化している
2. Sタンパク質の受容体結合ドメイン(RBD)のアミノ酸配列は、宿主の感染受容体に最も良く結合すべきなのに、RaTG13やpangolin coronavirusは、それらの宿主であるhorseshoe batやpangolinのACE2にはあまり結合しない
3. コウモリのコロナウイルスであるZC45, ZXC21のEタンパク質は、100%SARS-CoV-2と同じであり、SARS-CoV-2遺伝子配列のバックボーンになっている
4. S1/S2領域の接合部位に挿入されているfurin-cleavage siteはどのようにして発生したのか、ウイルス進化論的に合理的に説明することができない

この論文を読み始めると、まるで推理小説を読むように引き込まれて行きます。
そして最後には、あなたも新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は、人工的な産物だと納得させられるでしょう。

是非とも、ご一読をお勧めします。

新型コロナウイルス（COVID-19）では、高齢者、基礎疾患（糖尿病、脳血管疾患や高血圧など）があると重症化しやすいということが良く知られています。
高齢者と若年者の間の違いについては、若年者の方が自然免疫力が強い、高齢者では自然免疫と獲得免疫のバランスが崩れているなど、いろいろな議論があります。

下記のグループは、高齢者が重症化しやすいのは、従来型のヒト・コロナウイルス（HCoVs：NL63, OC43などの株）に特異的なT-細胞の交差反応の有無が関係しているのではないかと考えています。
https://www.nature.com/articles/s41598-020-78506-9

本研究より、ヒトα-HCoV(NL63)およびβ-HCoV(OC43)によって誘導される既存のT-細胞免疫が若年成人に存在するが、高齢者には事実上存在しないことが確認され、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）に向けられた交差反応性T-細胞の頻度は、ほとんどの高齢者で最小限だったとのことです。なるほど・・・、高齢者の重症化に関係していそうです。

IFN-γ 応答の違いを示す、
<10 (黒), 10–30 (ダークグレー), 30–100 (緑), 100–200 (ライトグイレー), >200 (オレンジ) SFU/10^6 PBMC.

新型コロナウイルス（COVID-19）が重症化すると、急性呼吸促迫症候群や多臓器不全を引き起こし、サイトカインストームが発生していることは周知の事実です。
炎症を抑えるために、IL-6, GM-CSFといった特定のサイトカインに対する阻害剤を使用しても、効果は限定的です。というのも、サイトカインストームの引き金を引くプロセスには、数多くの分子が関与しており、幾つものシグナルパスが存在するからです。
そこで、下記のグループは、ウイルス感染によって誘起される遺伝子の転写プロセスを一気に阻害してしまう為に、DNA Topoisomerase-1の阻害剤に着目しました。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33299999/

因みに、Topoisomerase-1はDNAの2 重螺旋構造を解くのに必須の酵素であります。
ハムスターを用いたin vivo実験にて、ウイルス感染によって高発現する遺伝子群がTopoisomerase-1阻害剤により抑制され、肺の炎症が抑えられることが示されました。

癌の発生、進行、転移において、ムチン型のO-型糖鎖の発現変化が見られることは良く知られています。
産総研のグループは、膵管腺癌の臨床病理とOｰ型糖鎖の関係について研究した内容を報告しています。
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0242851

膵管腺癌においては、Tn-抗原とsialyl-LewisX抗原が高発現しています。
しかし、これらの発現量と無病生存期間（DFS）との間には全く相関関係はありません。
興味深いことにβ3Gn-T6糖転移酵素と無病生存期間との間には、しかし、明らかに相関関係があり、β3Gn-T6の発現が高い方が無病生存期間が長くなっていることが示されました。
β3Gn-T6糖転移酵素は、Core3 O-型糖鎖の合成に必要な酵素になります。

現段階では、Core3構造とその伸張構造が何故、無病生存期間を長くするのかについてのメカニズムは判明していません。
今後の研究の進展を期待しましょう。「糖鎖は病態の単なる表現型だ」そういう一般的な懸念を打ち砕く成果に繋がるかも知れません。