コメの根圏:シュードモナス・クロロラフィスは、コメの免疫防御を活性化するようだ

International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology, Trieste, Italyらのグループは、コメの根圏におけるシュードモナス・クロロラフィス(Pseudomonas chlororaphis)の接種の影響について報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8309335/

植物成長促進根圏バクテリア(PGPR)の中で、シュードモナス・クロロラフィス(P. chlororaphis)に属する株が、単子葉植物、双子葉植物、野生植物、栽培植物を含んで多様な植物と共生関係を作っています。P. chlororaphis は、現在、次の四種に分類されています、即ち、chlororaphis、aureofaciens、aurantiaca、pisciumであります。 P. chlororaphis は、植物プロバイオティクスとしての応用が注目されており、根圏バクテリアとして、走化性、運動性、バイオフィルム形成、リン可溶化、aminocyclopropane-1-carboxylic acid (ACC)デアミダーゼ、Indole-3-acetic acid (IAA)生産と制御など、植物に有利なフェノタイプが存在します。

P. chlororaphis は、異なった抗カビ材である Prn (pyrrolnitrin)、PCN (phenazine-1-carboxamide)、PCA (phenazine-1-carboxylic acid)、2-OH-PHZ (2-hydroxyphenazine)、HPR (2-hexyl-5-propyl-alkylresorcinol) 、HCN (hydrogen cyanide)らを生産します。これらの分子は、フサリウム菌 やその他菌類、植物炭疽病菌、疫病菌、フハイカビ、菌核病菌、イモチ病菌、リゾクトニア菌などのような植物病原菌の成長を阻害し、植物の健康を守ります。

P. chlororaphis の植物成長に対する影響を調査するために、幾つかの表現型パラメータが評価されました、例えば、クロロフィル、フラボノイド、窒素バランス指標などです。加えて、P. chlororaphis接種後90日目の植物の背丈、根の総量なども評価されました。 結果は、コントロールとP. chlororaphisを接種した植物の間で、殆ど何も統計的な有意差は観測されませんでした。ただ、窒素バランス指標の上昇傾向やフラボノイドの低下傾向は、P. chlororaphis接種した植物で見られました。結果として、本試験の環境下では、P. chlororaphisの接種は、植物に対して実質的な利益は何もないようだとの結論になりました。

しかしながら、P. chlororaphisの接種によって、植物の免疫力が強化されるという可能性があることは示されました。
P. chlororaphisを接種された植物では、接種後28日目において、多様なストレス応答性ジンクフィンガータンパク質をコードするOsISAP1遺伝子の発現が上昇しており、これは植物の免疫防御システムが活性化されたことを示すものだからです。

COVID-19で起こる頭痛の原因は、血中で上昇したHMGB1が三叉神経を刺激するからだと考えられる

Gazi University Hospital, Medical Faculty, Besevler, Ankara, Turkeyらのグループは、COVID-19における呼吸器感染からリリースされるHMGB1が三叉神経を刺激し、COVID-19の頭痛を招く原因になっているようだと、おそらく初めての報告です。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8358545/

COVID-19で頭痛に苦しんでいる患者では、HMGB1、NLRP3、ACE2、そしてIL-6の血中レベルが頭痛の無い患者よりも顕著に高くなっており、CGRPとIL-10は逆に低くなっていることが分かりました。

考察の結果、HMGB1が侵害受容的な特性を持つ炎症性分子となっており、SARS-CoV-2感染による炎症性反応の中でも中心的な存在となり、これが三叉神経に激しい信号を誘起し、頭痛を招く原因になっているとしました。細胞外のHMGB1 は、活性化されたマクロファージ、単球、NK細胞、樹状細胞からSARS-CoV-2のような病原菌・ウイルスの侵入に反応して分泌されます。ニューロン、アストロサイト、ミクログリア、そして上皮細胞らもサイトカインやインターフェロンの刺激を受けて、能動的にHMGB1を分泌することが出来ます。更には、急性呼吸器不全で受けた細胞傷害やネクローシスで死亡した多数の細胞からもHMGB1が放出され、血中のHMGB1濃度の上昇に輪を掛けます。

トウモロコシの根圏:トウモロコシの根のレクチン(MRL)にベータプロテオバクテリアのリポ多糖(LPS)のO-GalNAc残基が結合する

Universidade Federal do Paraná, Curitiba, Paraná, Brazilらのグループは、トウモロコシの根のレクチン(MRL)が、ベータプロテオバクテリア(Herbaspirillum seropedicae)のリポ多糖(LPS)のO-GalNAcを認識することで共生が開始されるようだと報告しています。
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0077001

リポ多糖(LPS)は、非常に複雑な巨大分子であり、グラム陰性細菌の細胞膜の外側に単分子層として排他的に存在します。この複合糖質は、3つの領域からなり、細胞膜の外側に分子をアンカーするLipid A、コアとなるオリゴ糖、そしてO-型糖鎖です。Herbaspirillum seropedicae(野生型)株のLPSは、様々なO-型糖鎖修飾を含むlipid Aを持ち、その変異体株LPSEB(waaL)は、O-型糖鎖修飾を持たないLipid Aのコアしか持っていません。ここで、H. seropedicae というベータプロテオバクテリアは、植物成長促進に関わるバクテリアであり、トウモロコシ、小麦、米、サトウキビといった主要な穀物の成長促進には欠かせないものとして認識されています。

H. seropedicaeの野生型と変異株 waaL は、両方ともドーズ(根圏への接種量)に依存した形で、トウモロコシの根表面へのコロニー形成を示しました(下図のA参照)。しかしながら、変異株 waaLの根のコロニーは明らかに野生型のそれよりも少なく、野生型と変異株を共接種した場合には、野生型がコロニーをほとんど支配し、変異株は追いやられてしまいました(下図のB参照)。

下図において、Aはトウモロコシの根圏に各々のバクテリアを独立に接種した場合を示し、Bは両方の株を1:1で接種した場合を示します。 なお、H. seropedicae 野生型は黒色で、変異株 waaLは灰色で示されています。

これらのことから、H. seropedicaeが根に接着しコロニーを形成する場合の第一ステップが、MRLレクチンとLPSのO-型糖鎖の相互作用であり、根の内部組織に侵入する為の根の表面におけるコロニー形成を他のバクテリアを押し退けて勝ち取る際の要になっていることが分かります。

Galectin-3 が、COVID-19重症化の優れた予後マーカーになり得る

University of Medicine “Aldo Moro”, Bari, Italyらのグループは、COVID-19の重症化に対して、Galectin-3が優れた予後マーカーになり得ると報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8332745/

恐らく、本論文がCOVID-19の急性呼吸器不全(ARDS)における予後マーカーとしてのGalectin-3を報告する初めてのそれでしょう。

血中のGalectin-3濃度が高い患者は、重度のARDSを発症する危険性が高く、予後も良くありません。SARS-CoV-2感染の影響を受けやすい患者では、いわゆるサイトカイン・ストームを引き起こします。例えば、死に至った患者では、各種の血中炎症性マーカーの値が高くなっており、それらはCOVID-19の重症化と良く相関しています。それにも関わらず、著者らの多変量回帰分析モデルでは、IL-5、CRP、そしてGalectin-3のみが統計的に意味のある結果を示しています。IL-6とCRPについては、これは驚くべきことではなく、既に数多くの研究で、IL-6とCRPがCOVID-19重症化の予後マーカーとして報告されています。Galectin-3に対して注意を向けたのは本研究が初めてです。本研究では、COVID-19重症化を予測するROC解析のAUCで、Galectin-3が最も優れた値を示しました。Galectin-3 cut-off値=35.3ng/mLにて、AUC=0.75 (p = 0.001) を得ています。

実際、血中のGalectin-3濃度が35.3 ng/ml を超える患者においては、重度のARDSを発症するだけでなく、ICU入院率や死亡率も上がっていました。なお、本研究のコホートサイズは156名の患者でした。

SARS-CoV-2 Spikeに対する抗体をコートした金のナノ粒子(GNP)は、SARS-CoV-2の感染を100%阻止できる

Jackson State University, USAらのグループは、SARS-CoV-2 Spikeに対する抗体をコンジュゲートした金のナノ粒子(GNP)が、SARS-CoV-2の感染を完全に阻止できることを示しました。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8323809/

クエン酸がコートされたオリジナルのGNPの大きさは、15 ± 2 nmでしたが、抗スパイク抗体をコンジュゲートすることで大きさは27 ± 6 nm に増加しました。

感染実験において、SARS-CoV-2 疑ウイルス(# C1110G, Montana Molecular, Bozeman, MT) と、HEK293T 細胞が使われました。HEK293Tには、SARS-CoV-2の感染受容体であるACE2が発現していることが知られています。

下図に示すように、抗スパイク抗体がコンジュゲートされたGNPは、HEK293T細胞におけるSARS-CoV-2の感染増殖を完全に阻害できました。感染阻害効率は、100 ng/mLの高Spike抗体がコンジュゲートされたGNPの場合に100%に達し、10ng/mLの場合で60%に達していました。比べて、PEGがコートされたGNPや100 ng/mLの抗スパイク抗体の場合には、感染阻害効率は1%以下という低さでした。

< a href="https://www.emukk.com/WP/wp-content/uploads/2021/08/GNPantibody_SARS-CoV-2.png">

しかしながら、ブログ管理人は、この方法がin vivoでも使えるのどうか?については、不明です。

冬小麦の根圏:菌根菌ヘルパーバクテリアとしてのグラム陽性菌Bacillus amyloliquefaciensがArbuscular菌根菌の共生を助け、小麦の収量を増やした

University of Hertfordshire, Hatfield, UK のグループは、菌根菌ヘルパーバクテリアとしてのBacillus amyloliquefaciensが、arbuscular菌根菌の共生を助け、冬小麦の収量が増加することを報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8309287/

土壌細菌と植物との関係は非常に複雑であり、土壌の富栄養化をもたらし、植物の免疫と防御を強化し、植物の収量を改善し、二酸化炭素を固定するといったメリットをもたらします。Arbuscular菌根菌は、地球上の植物の80%もの根圏に存在する真菌のひとつであり、植物と菌根菌は相利共生を超えたお互いに無くてはならない関係を構築しています。菌根菌ヘルパーバクテリアは、そんなArbuscular菌根菌を刺激し、植物と土壌細菌の共生をより強固なものにします。その三者(植物、Arbuscular菌根菌、そして菌根菌ヘルパーバクテリア)の関係において、しかしながら、菌根菌ヘルパーバクテリアとArbuscular菌根菌との関係については良く分かっていないことが多いのです。そこで、本研究においては、菌根菌 R. intraradices (Ri)に加えて、三種のグラム陽性菌を菌根菌ヘルパーバクテリアとして評価しています:B. subtilis(Bs)、B. pumilis(Bp)、B. amyloliquefaciens(Ba)であります。

一般的な耕耘(CT) は、土壌細菌の多様性とその存在量に直接的に影響します。耕耘によって菌根菌の菌糸ネットワークが破壊され、植物の根の皮質に侵入した樹枝状体が減少してしまいます。しかし、根圏細菌に対する耕耘の影響というのも十分理解されているわけではありません。そこで、上記の一連の実験は耕耘あり(CT)、無し(ZT)で評価されました。

結論としては、グラム陽性菌であるB. amyloliquefaciens が、Arbuscular菌根菌の共生を助け、冬小麦の収量を増やすという事が分かりました。

高齢者や肥満で減少している4つのmiRNAがSARS-CoV-2の増殖を有意に阻害した

School of Life Sciences, Nanjing University, Nanjing, Chinaらのグループは、高齢者や肥満で特異的に減少している4つのmiRNA(miR-7-5p、miR-24-3p、miR-145-5p、miR-223-3p)がSARS-CoV-2の増殖を有意に阻害することを示しました。
https://www.nature.com/articles/s41392-021-00716-y

高齢者と若者の間で、血液中のmiRNAに如何なる差異があるのかを包括的に調査する為に、NCBI Gene Expression Omnibus databaseから、年齢に関連したnon-coding RNAの発現プロファイル(13サンプル)をダウンロードしました。内訳は、3名の30歳以下の若者、10名の60歳以上の高齢者となります。これを用いてmiRNAの比較発現解析を行いました。

非常に興味深いことに、4つのmiRNAs(miR-7-5p、miR-24-3p、miR-145-5p、miR-223-3p)が高齢者や肥満で有意に減少していることが分かりました。

次に、これらのmiRNAが、エクソソームの形であっても、フリーの単体であっても、SARS-CoV-2の増殖を有意に阻害することが示されました。下図は、エクソソームの場合です。

樹状細胞のHLA-IIに抗原提示されているSARS-CoV-2のペプチドで糖鎖修飾はどうなっているのか?

University of Oxford, UKらのグループは、樹状細胞のHLA-class IIに抗原提示されるSARS-CoV-2の糖ペプチドのマッピングについて報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8116342/

ブログ管理人にとっては、樹状細胞のHLA-IIに抗原提示されるペプチドが、SARS-CoV-2が樹状細胞に貪食される前に持っていた糖鎖修飾情報をそのまま維持しているのか否かについて非常に興味があります。

SARS-CoV-2のトータル22個箇所の糖鎖修飾の中で、HLA-IIに抗原提示された糖ペプチドは、14か所の糖鎖修飾サイトを含んでいるものが見つかりました。HLA-IIに抗原提示された糖ペプチドは、主に短鎖のパウチマンノース型のN-型糖鎖構造を持っており、オリジナルのSARS-CoV-2が持つオリゴマンノース、GlcNAc終端の複合型N-型糖鎖構造とは異なっていました。このパウチマンノース型のN-型糖鎖は、Fucose修飾の情報は持っていました。この事は、樹状細胞内の抗原提示のプロセスにおいて、糖鎖が刈り込まれていることを示すものです。


上図におけるヒートマップカラーは各々の糖鎖構造の相対的な頻度を示し、質量分析スペクトルにマッチしたペプチド数(青色バー)も示されています。

COVID-19における単球とマクロファージ:単球においてはHLA-DRの発現が低下し、マクロファージはSARS-CoV-2のトロイの木馬になっている

このブログ記事は、University of Bonn, GermanyらのCOVID-19における単球とマクロファージに関するレビュー論文から、そのエッセンスの紹介をしています。COVID-19においては、マクロファージはSARS-CoV-2を運ぶトロイの木馬と化し、単球はHLA-DRが減少し免疫抑制的に変貌して、末期癌や敗血症で見られる状態になっています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8335157/

日々、肺は菌類、バクテリア、ウイルスら病原菌を多量に含んだ空気を数千リッターも吸い込んでいます。それらの感染や組織に発生する合併症を阻止する為には、免疫システムが厳格に制御されている必要があります。肺においては、恒常的な状態ではマクロファージが最も大量に存在する免疫細胞であります。マクロファージはその存在部位において、少なくとも二種の異なった集団が存在します。ひとつは、間質内マクロファージであり、もうひとつは肺胞マクロファージです。それらは、卵黄嚢に起源を持ち、誕生後初期から肺に存在します。肺胞マクロファージは増殖能力を持っており、骨髄からの供給を受けなくても、独立に自己再生によって生涯にわたって存在量を維持することができます。

ウイルス感染においては、肺胞マクロファージは初期の病原体認識、炎症の開始と制御、そして組織ダメージの修復に係わっています。肺胞マクロファージは、IL-1β、CCL3、CCL7、CCL2、MCP1らの細胞間伝達物質を多量に産生し、CCRを発現する骨髄由来の単球を急速に肺へと呼び寄せます。これは、必要な防御反応であり、ウイルスの攻撃によって、肺胞マクロファージやその派生種が大幅に減少することを補う必要があるからです。更に、肺胞マクロファージは、抗ウイルス反応を開始させる type I IFNを分泌する主役でもあります。

COVID-19 は、IL-1α、IL-1β、IL-6、IL-7、TNF、type I IFN、type II IFNらのサイトカイン、CCL2、CCL3、CXCL10らの炎症性ケモカインらの全体的な増加によって特徴付けられます。全体的なサイトカイン応答の増加というのはCOVID-19において議論の余地はないのですが、COVID-19の病理で使われるサイトカイン・ストームという言い方には、議論の余地があります、というのもTNF、IL-6、IL-8らのCOVID-19における濃度は、敗血症、COVID-19とは無関係な急性呼吸器不全症候群、重い外傷、心停止、そしてサイトカイン放出症候群(CRS)らと比べて高くないからなのです。重度のCOVID-19の患者で見られる全体的なサイトカインのプロファイルは、マクロファージ活性化症候群(MAS)と似ており、この事は、単核貪食細胞系(単球やマクロファージ)の異常がCOVID-19の過炎症に関係しているのではないかということを強く示唆します。

肺に存在する単核貪食細胞群へのSARS-CoV-2 感染というのは、肺胞上皮細胞の貪食後にリソソームから逃れたウイルスが感染、或いはまた直接的に感染していると考えられます。COVID-19における単核貪食細胞群からのサイトカインの産生は、パターン認識受容体(PRRs)によるSARS-CoV-2に感染した肺胞上皮細胞から放出される細胞損傷関連分子パターン(DAMPs)の認識、或いはまた、Toll様受容体を介した病原体関連分子パターン (PAMPs)の直接的な認識によって開始されます。更には、DC-SIGN、L-SIGNらのC-型レクチン、或いはTweety family member 2らがSARS-CoV-2 Spikeタンパク質と相互作用し、炎症性反応を誘起します。どうも、肺胞マクロファージがSARS-CoV-2を運ぶトロイの木馬のように作用しているようなのです。つまり、ウイルスに感染したマクロファージが近くの肺組織へウイルスを感染させ、それによってゆっくりとSARS-CoV-2の感染が広がり、肺全体に過炎症を引き起こすのです。

全ての研究事例を通じて最も特徴的なことは、COVID-19の重症患者では、単球のHLA-DRの発現が減少しているということなのです。このHLA-DRの減少というのは、COVID-19の重症度と強く相関しています。HLA-DRの減少というのは、単球系骨髄由来免疫抑制細胞(MDSC)においてみられる特徴であり、これは末期の癌や敗血症において見られるものであり、免疫抑制的な機能を持っています。COVID-19において、そのようなHLA-DRlo 単球が炎症性ケモカインによって肺へ呼び寄せられ、過剰に活性化された単核貪食細胞群が更に炎症性サイトカインやケモカインを分泌し、この連鎖的な反応が連続的に起こることで炎症を重くし、肺組織にダメージを与えていると考えられます。

SARS-CoV-2は、様々な血管内皮中で、冠状動脈内皮細胞にのみ感染したが、ウイルスの増殖は起こらなかった

Goethe University Frankfurt, Germanyらのグループは、ヒトの各種内皮細胞におけるSARS-CoV-2の感染のし易さについて報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8256413/

SARS-CoV-2 は主に肺胞上皮細胞に感染し、急性呼吸器不全症候群(ARDS)を引き起こします。しかしながら、内皮細胞機能不全や血管イベントがこの病気の主要な合併症であることも良く知られています。実際に、循環器系の炎症、障壁血管による組織浮腫、播種性血管内凝固の活性化および微小血栓が、COVID-19の中症から重症患者で報告されています。しかしながら、内皮細胞機能不全がSARS-CoV-2の内皮細胞への直接的な感染で起きているのか、サイトカインの放出による炎症カスケードの二次的な結果なのか?については、明確ではありません。

そこで、異なった血管床から得られた幾つかのヒトの内皮細胞をSARS-CoV-2と共培養し、それら内皮細胞への感染のし易さについて評価が行われました。評価された内皮細胞は次の通りです、
ヒト臍帯内皮細胞 (HUVEC)、
ヒト冠状動脈内皮細胞 (HCAEC)、
ヒト心臓微小血管内皮細胞 (HCMVEC)、
ヒト肺微小血管内皮細胞 (HLMVEC)。

SARS-CoV-2 Spikeタンパク質は、ウイルス感染実験後、 ヒト冠状動脈内皮細胞から検出され、その他の内皮細胞からは検出されませんでした。この結果というのは、ウイルスの感染に必要とされるACE2を発現しているのは、ヒト冠状動脈内皮細胞のみであるという事実と相関しています。

ヒト大腸腫瘍細胞(CaCo2)がSARS-CoV-2感染のポジコンとして使用されています。

SARS-CoV-2 Spikeタンパク質は、ヒト冠状動脈内皮細胞から検出されましたが、このことは必ずしも内皮細胞に感染したということを意味するものではありません。それ故、RNA増幅の証拠となる二重らせんRNA、およびウイルス増殖の証拠となり得る細胞培養上清中のウイルスの存在が評価されました。しかしながら、SARS-CoV-2感染後5日間が過ぎても、ヒト冠状動脈内皮血管からは二重らせんRNAは検出されず、培養上清からもウイルスは検出されませんでした。このことは、ヒト冠状動脈内皮細胞にウイルスは取り込まれたが、その後全くウイルスは細胞内で増殖していないということを示すものです。

結果として、COVID-19で苦しむ患者に見られる多くの内皮細胞機能不全や微小血管内血栓らの合併症は、サイトカイン放出によって介在される炎症カスケードの結果として現れているものであり、内皮細胞への直接感染が原因ではないことが明らかになりました。

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