シリカ粒子を用いて干ばつに強い小麦の根圏を作り上げる:土壌細菌の細胞外多糖類の分泌を増加させる

Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Swedenrらのグループは、細胞外多糖類を分泌する土壌バクテリアと共に、シリカ粒子を土壌に混ぜることによって、干ばつに強い小麦の根圏を作りました。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8229586/

今後10年の間に、農業は地球規模で大きな困難に直面することになります。それは地球規模での水資源の蒸発と降雨の減少による干ばつであり、降雨は地域によっても季節によっても気象変動により変化しています。世界の科学界は、限られたリソースの中で、どうやって小麦のような穀物植物の収穫を上げるかという問題に対して新規な方法を模索しており、幾つかの環境に優しい方法には大きなポテンシャルがあるのですが、大規模なフィールド応用に対しては注意深く最適化されねばなりません。そのような一つの方法が、植物の生長を促す根圏を用いて、植物の自然なディフェンス・システムを強化することなのです。植物の根圏を制御することによって、土壌細菌の相互作用を生かし、植物の生産性を回復させ、植物の環境変化に対する耐性を強化し、気象変動による影響を緩和することができるでしょう。

干ばつ耐性を向上させるために、まず初めに、土壌細菌A26に対して、4-phosphopantetheinyl transferaseを遺伝子的にノックアウトしたA26Sfpという株を作りました。A26Sfp株は、野生型のA26に比べて、グルクロン酸を主成分とする細胞外多糖類からなる菌膜の生産能力が向上しています。そもそも多糖類は親水性であり、保水能力を上げるにはとても適しています。

A26とA26Sfpを1/2 Tryptic soy broth (TSB)培地に50 µg/mL の濃度でシリカ粒子を加え、30℃で24時間培養しました。シリカ粒子の添加は、土壌細菌の数には影響を与えませんでしたが、細胞外多糖類の生産は、A26 と A26Sfp に対して、それぞれ46%、29%向上しました。A26Sfpの細胞外多糖類の生産は、その野生型A26に対して30–40%高くなっているのですが、シリカ粒子の点かで、それが更に20%増加しました。どうしてシリカ粒子の添加が、そのような効果を示すのかについては明確ではないのですが、形態的には細菌が長くなり、細菌集団の形成が見られ、これらが細胞外多糖類の産生増加に関係していると思われます。

質量分析を用いて、細胞外多糖類の定量化を試みたところ、A26Sfpによって作られた細胞外多糖類が、野生型A26のそれに比べて長鎖構造になっていることが分かりました。長鎖の細胞外多糖類が土壌の保水力を上げる原因になっていることはほぼ間違いがないでしょう。

新型コロナウイルス(COVID-19)の起源について確度の高いレポートが米国から出る

新型コロナウイルス(COVID-19)の起源について、確度の高い報告書が米国共和党議員(Michael T. McCaul氏)より提出されたようです。
以下にその結論と主要な時系列をご紹介させて頂きますが、詳細は是非原文を拝読ください。
https://gop-foreignaffairs.house.gov/wp-content/uploads/2021/08/ORIGINS-OF-COVID-19-REPORT.pdf

COVID-19の起源について、多くの公開討論が、当初は武漢の海鮮市場に焦点を当ていましたが、数多くの有力な状況証拠から、ウイルスは武漢ウイルス研究所からリークしたものと考えられます。武漢ウイルス研究所において、コロナウイルスに対して機能獲得実験が行われてきたという事、人に感染しやすいようにウイルスに遺伝子操作を加えていたという事、しかもそれがBSL-2という安全性の低い環境で実施されていたという事、そして更に、武漢ウイルス研究所はコロナウイルスの収集では世界最大規模であるという事を考慮すれば、一人或いは数人の研究員が偶然にもウイルスに感染し、研究所外に流出した、というのが最も確かな結論なのです。

  1. 武漢ウイルス研究所のウイルスとサンプルのデータベースが何の説明もなく、2019年9月12日の真夜中にシャットダウンされました;
  2. 2019年に、中国当局のTOP科学者から安全性の懸念が表明され、武漢ウイルス研究所のメンテナンスが突如計画されました;
  3. 2019年の10月に、武漢において行われた世界軍人競技会に参加したアスリートが武漢において、そしてまた帰国して間もなくCOVID-19に良く似た症状を示す病気を発症しました;
  4. 2019年9月から10月にかけて取られた武漢の衛星写真によれば、武漢ウイルス研究所を取り巻く病院に数多くの人達が集中していることが確認され、COVID-19の似た症状を示す多くの患者がいたということと合致しています;
  5. 2019年後期初頭に、人民解放軍のバイオ兵器専門家が、武漢ウイルス研究所(BSL-4)の所長として就任しました;
  6. 中国当局や武漢ウイルス研究所と直接間接的に関係を持つ科学者達によって武漢ウイルス研究所で行われていた実験に対する隠ぺい工作が行われました;

新型コロナウイルス(COVID-19)の特徴的なふたつのグループに見られる免疫反応の違いと重症度との相関について

Sorbonne Universite, Inserm, Universite de Paris, Franceらのグループは、新型コロナウイルス(COVID-19)の異なった免疫プロファイルを持つ二つのグループを同定し、それがCOVID-19の重症度と関係していることを報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8312547/

非常に興味深いことに、COVID-19入院患者がふたつのグループに分けられることが分かりました。入院時における全血のトランスクリプトームの主成分解析から、グループ1(青)は健常者に近く、グループ2(赤)は離れていました。

グループ2において高発現している遺伝子は、骨髄細胞の特徴、好中球の活性度、炎症応答、TLRとType I IFNのシグナルパス、T細胞増殖の抑制(例えば、arginase 1、PDL1、PDL2、CD276/B7-H3)らに属しています。
反対に、CD8 や NK細胞機能、T細胞活性化、ヘルパーT細胞分化、共刺激受容体(TNFRSF4 (OX40)、ICOSLG (ICOS ligand)、TNFRSF18 (GITR)、TNFRSF11A (RANK))、そして抗原提示らに関係している遺伝子は、グループ2において低発現となりました。これらの結果は、異なった免疫プロファイルを持つ患者がいることと適合しています、即ち(i)獲得免役トリガーのグループ(group 1)と(ii)悪化した骨髄系自然免疫応答と獲得免役不全(group 2)という訳です。

グループ2とグループ1では、年齢や糖尿病において差があるわけではありません、が、グループ2の方が肥満度はグループ1よりも高くなっています。COVID-19の重症度の基準はWHOの定めたそれに従っています、軽症が4-5 WHO scoreとなり、重症が >6 WHO scoreとなります。驚くべきことに、グループ2のほとんどすべての患者(94%)は、WHO scoreが6以上となっており、それに比べてグループ1の同比率は25%にしかすぎません。ふたつのグループの間で見られるその他の重要な器官や組織(例えば、肝臓、腎臓、心臓、血管)における生物学的な指標を比較すると、肝臓のダメージを反映する脂肪肝指標 (HSI)やプロトロンビン比 (% PR)、腎臓障害を反映する尿中 Na+やNa+/K+比、循環器のダメージを半円するトロポニン、血管内皮の状態を反映するE-セレクチンや胎盤増殖因子 (PlGF)らが、グループ2において顕著にグループ1とは異なっていました。包括的に言えば、多臓器不全、血管内皮のダメージや血栓症がグループ2の患者で際立っているという事ができます。また、死者の88%はグループ2に属していることからも、グループ間の免疫応答の違いが顕著な結果の違いとして現れています。

ふたつのグループ間の免疫細胞数の違いについては、グループ2の特徴は、白血球の増加、顕著なリンパ球減少症、CD8+ T細胞の減少、CD4+ T細胞の増加、NK細胞の減少、好中球の増加がみられることであります。加えて、グループ2においては、血中の炎症性サイトカイン(IL-6、IL-8、TNF-α、可溶性TNF受容体2)らが顕著に増加しています。これらのデータは、グループ2において炎症反応や好中球反応が高く、NK細胞やT細胞応答が低下していること、グループ1においてはより獲得免役反応を好むようなプロファイルになっていることを裏付けています。注目すべきは、グループ2においては、PMBCのTLR3の発現が上昇していることかも知れません。

SARS-CoV-2の変異株(アルファ、ベータ、ガンマ、デルタ、イプシロン、カッパ)とACE2の結合力の分子動力学的なシミュレーションから

Lehigh University, Bethlehem, USAのグループは、SARS-CoV-2の各種変異株のRBDとACE2の間の結合力について、糖鎖修飾も考慮に入れた形で分子動力学シュミレーションを行っています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8328061/

SARS-CoV-2 RBDとACE2複合体に対して、RBDとACE2それぞれの重心間の距離の関数として引き剥がすに必要な引っ張り力を分子動力学シュミレーションにより評価しています。RBD-ACE2複合体については、N型糖鎖の完全修飾を仮定し、下記の6種のSARS-CoV-2変異株について計算が行われました。

アルファ変異株 (英国において発見, B.1.1.7: N501Y),
ベータ変異株 (南アフリカにおいて発見, B.1.351: K417N, E484K, N501Y),
ガンマ変異株 (日本とブラジルにおいて発見, P.1: K417T, E484K, N501Y),
デルタ変異株 (インドにおいて発見, B.1.617.2: L452R, T478K)),
イプシロン変異株 (カリフォルニアにおいて発見, B.1.427: L452R) ,
カッパ変異株 (インドにおいて発見, B.1.617.1: L452R, E484Q)),

アルファ変異株が、ACE2からの引き離しには一番強い力を必要とし、ベータ変異株、ガンマ変異株或いはデルタ変異株の順になります。ベータ変異株とガンマ変異株のK417N/T変異が、アルファ変異株に比べて力が弱くなっている原因のようです。加えて、イプシロン変異株はL452R変異によって不安定化したRBDの構造により他の変異株よりも力が弱くなっています。デルタ変異株は、RBDとACE2の距離が相対的に遠い場合に最も強い力を必要とするようです。

興味深いことに、デルタ変異株の様子は、他の変異株とは違っています。T478K変異の影響にて、RBD-ACE2間の距離が78Åで完全に分離するときに最も強い力を必要とします。何がその違いを生み出しているかなのですが、T478K変異によって、デルタ変異株のRBDとACE2bの間には他の変異株の場合よりもより多くの分子間結合点があるようです。デルタ変異株のK487は、距離=78ÅにおいてACE2のP84とM82に結合しているのですが、イプシロン変異株のT478ではこのような相互作用は消失しています。フレキシブルなループに存在する478残基がACE2と一番最初に結合するチャンスがあり、その間の強い相互作用がデルタ変異株がその高い感染力で蔓延した原因になっているのかも知れません。

SARS-CoV-2 Spikeは、レクチン捕体系路を活性化できる

University of Cambridge, Cambridge, UKらのグループは、COVID-19の重症化病理におけるレクチン捕体系路の重要性について言及しています。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.714511/full

補体経路は、自然免疫及び獲得免疫における重要な免疫機構の一つであり、現在までに三種の捕体系路が知られています、古典経路、代替経路、そしてレクチン経路です。
mannan-binding lectin-associated serine protease-2 (MASP-2) がレクチン経路におけるキーとなる酵素です。活性化された MASP-2 が C4 を効果的に切断でき、C3 及び C5 転換酵素複合体 C4bC2a 及び C4bC2aC3bを作ることが出来、順次活性化して、最終的な細胞膜侵襲複合体を作ります。pathogen-associated molecular patterns (PAMPs) 認識分子がMAPS-2を活性化するにはキーとなります。ヒトにおけるPAMPs認識分子には、mannose-binding lectin (MBL)、collectin-11 (CL-11)、そしてCL-11 と CL-10 と ficolinのヘテロ結合分子があります。レクチン経路は、このPAMPs認識分子が病原菌のPAMPsに結合することで開始されるということになります。

SARS-CoV-2のSpikeタンパク質やNタンパク質に対するこれらPAMPs認識分子の結合が調べられました。ELISA MTPにSARS-CoV-2 Spikeタンパク質, SARS-CoV-2 Nタンパク質 或いはまたコントロールリガンド(mannan を MBLに、N-acetyl BSA を ficolin 2(FCN2)に、zymosan を CL-11に)固定化し、血清の希釈系列をWellにアプライしています。以下に示すように、PAMPs認識分子(MBL、ficolin2、CL-11)がSARS-CoV-2に結合することが明確に示されています。

このレポートにおいては、レクチン経路がCOVID-19の重症化に関わっているかどうかについてはデータは示されていないのですが、これが、急性呼吸窮迫症候群(ARDS)に関わっている可能性はあるのではないでしょうか?

子供と大人の免疫反応の如何る違いがCOVID-19の病態の違いを生むのだろうか?

The University of Hong Kong, Hong Kong, Chinaらのグループは、子供と大人の免疫反応の如何る違いがCOVID-19の病態の違いを生むのかについて考察しています。
https://www.nature.com/articles/s41467-021-24938-4

SARS-CoV-2 の感染において、子供の方が大人よりも軽症であることは良く知られていますが、その免疫機構の違いについては良く分かっていません。いくつかの仮説は提唱されています、例えば、自然免疫の強さ、自己抗体の減損、抗体反応の違い、過去に罹った一般的な風邪のコロナウイルスとの交差反応の強さ、ベースラインのIgMの量などです。

大局的にみると、本研究からは次のことが分かります、(1)SARS-CoV-2のウイルス構造タンパク質に対するIFNγ CD4+ 及び CD8+ T-細胞応答、ORF1abタンパク質に対するCD8+ T-細胞応答らが子供において大人よりも顕著に低いという事、(2)過去のβ-coronavirus に対する免疫が子供の方が大人よりも顕著に少なく、免疫ベースラインに違いがあることを示唆すること。

してみると、過去の β-coronavirus に対する弱い免疫や、弱いT-細胞応答が、子供がCOVID-19で軽症で済んでしまうことをドライブしているかも知れないのです。

SARS-CoV-2が細胞膜上のヘパラン硫酸に結合して補体因子Hの結合を阻害することが補体経路を異常に活性化し炎症を加速する

Johns Hopkins School of Medicine, Baltimore, USAらは、COVID-19の重症化において、補体代替経路の異常な活性化が深く関係していることを示唆しています。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34289657/

免疫の捕体経路には、現在以下の3種類があるとされています。古典捕体系路、補体代替経路、そしてレクチン経路であります。古典捕体系路は、抗体による活性化を必要とするのですが、補体代替経路の場合には、C3が直接細胞表面に結合し、B因子、D因子によって直接的に活性化されます。

COVID-19 の58人(内、32人は最小限の酸素吸入を必要としたもの、7名は最大限の酸素吸入を必要としたもの、17名は人口呼吸器を必要といたもの、2名は死亡)から得た血清が、補体を介した細胞死を招くことが補体機能アッセイで確認され、細胞表面において膜侵襲複合体(C5b-9)の結合を増加させました。41.2% 人工呼吸器を必要としたCOVID-19 患者の41.2%が、補体機能アッセイで陽性となりました(20%以上の細胞が死んだ場合を陽性)、最低限の酸素吸入しか必要としなかった患者では、その割合は僅かに6.3%に留まりました。そして更に、C5とD因子の阻害は、COVID-19患者の血清によって誘起される補体活性化の増幅を緩和し、血清中のBb因子の増加は、COVID-19患者の重症度と相関しており、補体代替経路の異常な活性化が重要な役割を果たしていることが示唆されました。

SARS-CoV-2 spike タンパク質が、補体因子Hのヘパリンへの結合を直接的にブロックしているようであり、それが細胞表面での補体調整不全に繋がっているようです。 つまり、感染初期の段階で、SARS-CoV-2 spike タンパク質が肺上皮細胞上のヘパラン硫酸と結合し、補体因子Hのヘパラン硫酸への結合を阻害することで、補体代替経路の調整不全が起きているようです。補体因子Hの結合が抑制されることで、因子Dによる因子Bの切断が増加し、Bbの生成が増加します。因子Bbは、C3bに結合し、C3転換酵素(C3bBb)が形成され、C3が切断され C5転換酵素(C4b2a3b or C3bBb3b)が形成されます。C5転換酵素は、C5を切断し、C5aとC5bを作り、C6-9と共に細胞膜侵襲複合体(C5b-9)を形成し、細胞を殺します。そしてこのことが過剰な炎症を招きます。このようにして、SARS-CoV-2 Spikeに起因する補体代替経路の調整不良が、COVID-19のCOVID-19の病理に深くかかわり、それが重要化のマーカーになるやも知れません。

小麦の根圏:グラム陰性土壌細菌 J12、シュードモナス属 J156が小麦の出芽と成長を最も促す

Mohammed VI Polytechnic University (UM6P), Benguerir, Moroccoらのグループは、小麦の出芽と成長を促すリン固定根圏バクテリアについて報告しています。
https://peerj.com/articles/11583/

近年、植物の根と土壌細菌の共生が非常に着目されており、根圏(rhizosphere)と名付けられています。根圏は、動物の腸と腸内細菌の関係と非常に良く似ており、腸の内皮が根の上皮に相当し、腸内細菌が土壌細菌に相当します。根圏細菌や根のグライコームに関する研究は、しかしながら非常に少なく、今後新たな知見が得られる分野としてブログ管理人は多大な興味を持ってその動向をウォッチしています。

リン (P) は、窒素に引き続いて植物に必要な栄養素であり、植物の生長における殆どすべての代謝プロセス、例えば、光合成、エネルギー伝達、呼吸、シグナル伝達らに係わる必要不可欠な主要栄養素であります。バクテリアを含むリン酸塩可溶化微生物は、土地の肥沃化と植物の生長に重要な役割を果たしています。それ故、リンが欠乏している土壌での穀物の生産とその効率を最大化する為に、環境に優しく、しかも経済的な管理手法の開発が非常に大切です。根圏細菌の生物多様性の調査と根圏における微生物相互作用の最適化とその操作は、高いリンの固定化能力を持つ効果的な微生物の接種を実現する上において欠くことのできないステップであります。リンは、有機体あるいはまた無機体として土壌に多く存在するのですが、そのままでは根はリンを吸収することが出来ません。多数の土壌微生物、特に植物の根圏に存在する微生物は、それらのリンを可溶化することで、植物が吸収しやすくなります。リン酸可溶化細菌は、植物成長促進根圏細菌に属し、リン酸二カルシウム、リン酸三カルシウム、リン鉱石などのさまざまな供給源からの無機体のリンを可溶化することができるのです。

根圏バクテリアのスクリーニングで、下記のように9種のリン固定種が同定されました、

インドール酸 (IAA) は、植物の生長を促進することが知られています、

アンモニアは、間接的に植物の健康に寄与します。特に病原菌に対する代謝的な阻害剤として作用します。すべての土壌細菌はいろいろな濃度でアンモニアを生成しますが、シュードモナス属J153が最も高濃度のアンモニアを生成するようです。

結果として、グラム陰性土壌細菌 J12、シュードモナス属 J156の接種が、小麦の出芽と成長を最も促すことが示されました。

肝類洞壁内皮細胞においては、L-SIGNがSARS-CoV-2の正当な感染受容体である

Oklahoma Medical Research Foundation, Oklahoma, USAらのグループは、L-SIGNがSARS-CoV-2感染の正当な感染受容体であると報告しています。
https://insight.jci.org/articles/view/148999

L-SIGNがSARS-CoV-2と相互作用をすることを確認する為に、SARS-C-V-2の疑似ウイルスとL-SIGNおよびACE2を発現するHEK293T細胞を用意しました。L-SIGN はご存知のようにC-型レクチンであり、high mannose型のN-型糖鎖にCa2+に依存した結合を示します。SARS-CoV-2 RBDにはAsn343にN-型糖鎖の修飾サイトがあります。Asn343をglutamine (Q)で置換することによって、N-型糖鎖が欠損したspike/Fc融合タンパク質(SpikeN343Q/Fc)を作り、WT(Spike/Fc)と比較しています。SpikeN343Q/Fcにおいてmannose構造が欠損していることは、GNLレクチンブロットで確認されています。このようにして、SpikeN343Q/Fc は、ACE2を発現している細胞には結合するが、L-SIGNを発現していない細胞には結合しないことが確認され、L-SIGNは、SARS-CoV-2 RBDのAsn343に存在する糖鎖を認識して結合していることを確認しました。

ヒトの肝類洞壁内皮細胞(LSECs)には、L-SIGNは発現しているが、ACE2は全く発現していないことが分かっています。SARS-CoV-2とL-SIGNの相互作用が持つ臨床的な意味を明確にするために、COVID-19のホルマリン固定パラフィンエンベの肝臓検死サンプルを用いて、SARS-CoV-2の感染を確認しました。SARS-CoV-2に感染していない同様な検死サンプルとの比較において、このことが明確に示されています(LSECsには、L-SIGN が発現しています(緑色で示す)、そして赤の矢印はSARS-CoV-2が感染している箇所を指し示すものです)。

加えて、このSARS-CoV-2の感染は、ヒトのL-SIGNに対する抗体、そしてまたmannanでドーズ依存的に阻害され、これらがCOVID-19感染の重症化を抑えるための治療薬となり得る可能性も示唆されました。

COVID-19重症患者の治療効果:IL-6阻害剤であるトシリズマブとステロイド剤であるデキサメタゾンの用い方が肝要

Jan Kochanowski University, Kielce, Polandらのグループは、COVID-19重症患者に対するトシリズマブとデキサメタゾンの使い方とその治療効果について報告しています。ブログ管理人はお医者様ではないのですが、仮に自分がそうなった場合に、治療法に対する知識があると良いですよね。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8291861/

4つのグループ(トシリズマブ(TCZ)で治療、TCZ とデキサメタゾン(DEX)両方を使って治療、DEXのみで治療、TCZ も DEXも使用していない)を比較しています。TCZのみを用いたグループで死亡率が6.8%と顕著に下がっており、他のグループでは19.6% ~ 23.1%でした。特に、IL-6の濃度が100pg/mLを超えるような患者ではTCZの効果はより顕著であり、TCZのみの場合とその他の場合で、5% 対 22.9% ~ 51.7%となりました。
感染後21日、そしてまた28日後の症状の改善にも大きな違いが出ており、TCZのみの場合で、それぞれ 60% と 75%となっており、DEXのみの場合の数値と比べると倍の効果が出ています(それぞれ、27.6% と 37.9%)。

このようにして、COVID-19の重症患者においては、特にサイトカインストームをひき起こしている場合には、死亡率、症状の改善、退院率などにおいて、TCZはDEXよりも顕著な治療効果を示しています。COVID-19重症患者の場合には、TCZとDEXを合わせて使用しても、TCZ単独の場合に比較して、治療効果には改善は見られないことは特質すべきでしょう。