Mx ((同)エムック, emukk LLC)

樹状細胞(DC)は免役反応の最前線にいます。
ウイルス等の病原体が侵入すると、DCに発現しているトール様受容体（TLR）、C-型レクチン受容体（CLR）らが、病原体特有の分子構造を認識し、免疫反応の引き金を引きます。
樹状細胞のCLRとしては、DCIR/CD367/CLEC4A, DECTIN1/CD369/CLEC7A, DECTIN2/CLEC6A, DNGR1/CD370/CLEC9A, MMR/CD206, DEC205/CD205, DC-SIGN/CD209, langerin/CD207, BDCA2/CD303/CLEC4Cらが知られています。
これらレクチンの機能については、まだまだ不明点が多いのですが、例えば、
DCIRは、high mannose/fucose系の糖鎖に結合し、IL12やTNFαの分泌に抑制的に働き、DECTIN1は、β-1,3-glucansを認識し、逆にそれら炎症性サイトカインの分泌を促します。

Univ. Grenoble Alpesのグループは、慢性化したHBVにおいて、各種CLRの発現がどのように変化しているかについて、Flow cytometryを用いて行われた実験結果を元に考察を加えています。
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cti2.1208

DCには、CD1c/BDCA1 (cDC2s), CD141/BDCA3 (cDC1s), plasmacytoid DCs (pDCs)という三つのサブクラスが存在します。

血中cDC2s：DECTIN1, MMRが減少
肝臓内cDC2s：DCIR, MMRが減少
血中cDC1s：DECTIN1, CLEC9Aが減少、FcɣRIIAが若干増加、
肝臓内cDC1s：DCIR, CLEC9A, Fcɣ受容体, MMRが減少、DECTIN1が若干増加
血中pCDs：ほとんど変化はない
肝臓内pCDs：DCIRが増加、Fcε受容体が若干増加

というような変化が起こっています。

非常に変化は複雑ですが、HBVに慢性的に感染することで、DCのCLRの発現量に変化が起こっているという現象は注目に値すると思われます。
全般的には、CLRの発現が減少しているようであり、それによって、HBVが免疫系の攻撃から逃れやすくなっているのではないでしょうか？

産総研と京大のグループは、アルツハイマー病のマーカーとして、高性能な新規エクソソームマーカーを発見しました。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33345458/

アルツハイマー病の患者では、健常者に比べてエクソソームの糖鎖修飾に大きな違いがあり、強くハイマンノース修飾を受けていることを発見しました。
そこで、ハイマンノース特異的なレクチンを用いて、レクチンブロッティングを行った結果、80kDa付近に非常に強いバンドが見つかり、それがCD61（エキソソームのマーカー）であることが分かりました。

Tim4（T cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4）とエクソソームの各種CDマーカー（CD61, CD41, CD63, and CD9）に対する抗体でサンドイッチアッセイを組んだところ、Tim4-αCD63が最も高い判別能力を示し、AUC=0.957が得られたとのことです。

コレステロールを下げる治療薬としてスタチンは広く使われています。
ウイルスの感染においては、その感染のプロセスにおいて細胞膜に存在する脂質ラフトが介在するため、コレステロールやスフィンゴ脂質の変化がウイルスの感染に影響を及ぼすであろうことは十分に推察されます。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0306987720333430?via%3Dihub

新型コロナウイルス（COVID-19）においては、重症化のHazard Ratio（HR）がスタチンの投与で大きく減少することが分かりました。
HR=0.70 (95% CI: 0.53 – 0.94)

一方、インフルエンザでもスタチンの効果は認められており、
オッズ比(OR)=0.72 (95% CI: 0.38 – 1.33)
というデータが報告されています。

しかし、スタチンが宿主細胞へのウイルス感染を押さえているのか？それともウイルスの複製を押さえているのか？を明確にするためには、更なる研究が必要です。

現在、英国で大流行している新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）変異株（B.1.1.7）における遺伝子変異についてのレポートが出ています。
https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563

14個の非同義置換、6個の同義置換、3個の欠失が発生しており、かなり大規模な変異が発生しているようです。

新型コロナウイルス（COVID-19）においては、気管支肺胞洗浄液中に多量のマクロファージが存在することから、重症化に大きくマクロファージが関わっていることが示唆されています。マクロファージは、単なる食細胞ではなく、数多くのサブセットを持っており、それぞれに特有な機能があることが分かってきています。
下記のグループは、マクロファージにおける転写因子（MAFBとMAF）がCOVID-19の重症化に大きく関わっていることを報告しています。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.603507/full

転写因子であるMAFBは病原性の繊維化促進性のSPP1+マクロファージのサブセットを昂進し、転写因子MAFは炎症性のFCN1+マクロファージサブセットを抑制する機能があります。COVID-19が重症化すると、MAFB/MAF比が大きくなっていることが分かりました。即ち、肺組織の炎症を加速し、同時に繊維化も加速される方向にマクロファージのサブセット群が制御されているということです。
従って、COVID-19の治療に際しては、MAFBを沈黙させ、MAFを過剰に発現させるように誘導することが有効であると結論しています。

ブログ管理人はお医者さんではないのですが、以下の症例報告は、新型コロナウイルス（COVID-19）に罹って重症化してしまった時には役に立つかもしれません。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213007120305323?via%3Dihub

一般的に、炎症を抑えるためにステロイド剤は良く使われますが、長期に使用すると副作用が大きく、COVID-19ではウイルスの排除が遅くなるという副作用があります。
しかし、COVID-19が重症化した後期に、MP (methyl-prednisolone）を高濃度で短期間（1000mg、三日間）にパルス療法を行うと非常に効果的であったという4件の症例報告がありました。
全員が回復して退院しています。

ご家族に伝えておくと良いかもですね。

HIVは、SARS-CoV-2と同じようにエンベロープタンパク質を持つウイルスであり、そのタンパク質の構造や糖鎖修飾については、数多くの研究報告があります。HIVのエンベロープタンパク質は、gp160と呼ばれ、二つのサブユニット, gp41とgp120, からなります。HIVの感染は、gp120がT細胞のCD4受容体に結合することで開始されます。gp120には、27個のN型糖鎖修飾部位があり、強くハイマンノース型の糖鎖修飾を受けていることが知られています。

Univ. of Alabama at Birminghamのグループは、gp120の糖鎖が感染力および中和抗体に与える影響について報告しています。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33205023/

結果として、N262糖鎖修飾がある場合に、感染力が7～9倍増加することが確認されました。
また、HIVの中和抗体に対しては、N262糖鎖修飾があると中和能力が減少することが分かりました。
特にPGT151, 35022, 2G12, VRC24, PG16, PGT145では、中和能力が大きく減少することが示されました。

本論では、分子動力学モデルを使いながら、これら変化の背景にあるメカニズムを議論しています。

新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の由来について、特筆すべき論文があります。
https://zenodo.org/record/4073131?fbclid=IwAR2VprdWCGzl8NlNpzWPz0QudcBRHZ0dnPPCZNz8Yg2oGfleP1_ZxoipzEI

議論の中心点は、以下です。

SARS-CoV-2に遺伝子配列が近いものとしては、horseshoe batを宿主とするRaTG13(96.2%）およびpangolinを宿主とするMP789(90.1%)らがあります。
しかし、

1. 自然発生的な遺伝子変異のsyn/non-syn ratioは、Sタンパク質の全領域に渡って大きく変動してはならないのに、SARS-CoV-2 vs RaTG13では、桁違いに比率が変化している
2. Sタンパク質の受容体結合ドメイン(RBD)のアミノ酸配列は、宿主の感染受容体に最も良く結合すべきなのに、RaTG13やpangolin coronavirusは、それらの宿主であるhorseshoe batやpangolinのACE2にはあまり結合しない
3. コウモリのコロナウイルスであるZC45, ZXC21のEタンパク質は、100%SARS-CoV-2と同じであり、SARS-CoV-2遺伝子配列のバックボーンになっている
4. S1/S2領域の接合部位に挿入されているfurin-cleavage siteはどのようにして発生したのか、ウイルス進化論的に合理的に説明することができない

この論文を読み始めると、まるで推理小説を読むように引き込まれて行きます。
そして最後には、あなたも新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）は、人工的な産物だと納得させられるでしょう。

是非とも、ご一読をお勧めします。

新型コロナウイルス（COVID-19）では、高齢者、基礎疾患（糖尿病、脳血管疾患や高血圧など）があると重症化しやすいということが良く知られています。
高齢者と若年者の間の違いについては、若年者の方が自然免疫力が強い、高齢者では自然免疫と獲得免疫のバランスが崩れているなど、いろいろな議論があります。

下記のグループは、高齢者が重症化しやすいのは、従来型のヒト・コロナウイルス（HCoVs：NL63, OC43などの株）に特異的なT-細胞の交差反応の有無が関係しているのではないかと考えています。
https://www.nature.com/articles/s41598-020-78506-9

本研究より、ヒトα-HCoV(NL63)およびβ-HCoV(OC43)によって誘導される既存のT-細胞免疫が若年成人に存在するが、高齢者には事実上存在しないことが確認され、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）に向けられた交差反応性T-細胞の頻度は、ほとんどの高齢者で最小限だったとのことです。なるほど・・・、高齢者の重症化に関係していそうです。

IFN-γ 応答の違いを示す、
<10 (黒), 10–30 (ダークグレー), 30–100 (緑), 100–200 (ライトグイレー), >200 (オレンジ) SFU/10^6 PBMC.