University of Copenhagenらは、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）へのO型糖鎖修飾について報告しています。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.03.429627v2
サンプルとしては、昆虫およびHEK293Fで発現したSARS-CoV-2のSpikeタンパク質を使用し、N型糖鎖をPNGase Fで除去し、更にneuraminidaseを用いてシアル酸も除去しています。糖鎖解析には、ETD/HCD LC-MS/MSを使用しています。下記にHEK293 Fの場合のO型糖鎖修飾の様子を抜粋します。相対的にTn抗原よりもT抗原の方が多いようです、但し、シアル酸修飾の状態は不明です。
University of Wisconsin-Madisonらは、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）のO型糖鎖について、MS解析を行った結果を報告しています。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.28.433291v1
O型糖鎖を解析するために、PNGase Fを用いてHEK293で発現させたSARS-CoV-2のSpikeタンパク質からN型糖鎖を除去し、イオントラップ質量分析 (TIMS)、超高感度フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析 (FTICR) を組み合わせて解析しています。
結果としては、Sialyl-T-antigenが大半を占めているようです。
Université de Nantesらのグループは、抗TnとCOVID-19との関係性について報告しています。
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2021.641460/full
Tn抗原（α-GalNAc）は、A血液型抗原（GalNAcα1-3(Fucα1-2)Galβ1-4GlcNAc）との構造的類似性が存在することを考慮すると、抗Tnのレベルが、血液型OおよびBと比較して血液型Aの個体で実際に低いことは容易に理解されます。抗Tnのレベルが、SARS-CoV-2に感染しCOVID-19を発症しているヒトで低いことに対しては、抗Tnが少ないと発症しやすいということを意味し、血液型Aの人が血液型OのヒトよりもSARS-CoV-2に感染しやすいという既報と矛盾しない結果です。
https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMoa2020283?articleTools=true
なお、抗T, 抗core-3, 抗Lec, 抗GlcNAcLac, 抗Gb3については、どの場合でもほとんど変化はないとのことです。
Beijing Proteome Research Centerらのグループは、新型コロナウイルス（COVID-19）患者と健常者の尿から、その比較プロテオーム解析を行い、COVID-19に特徴的な尿中マーカーを報告しています。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33688631/
健常者の尿からは、2656種のタンパク質が同定されました。健常者、COVID-19、回復者に共通するタンパク質は1008種ありました。COVID-19患者に特有なタンパク質が211種、回復者に特有なタンパク質が63種みつかったようです。
COVID-19で上昇するタンパク質もあれば、逆に減少するタンパク質もあります。
代表的な例としては、下記があげられます。しかし、当ブログ管理人の観点からは、尿のプロテオームが診断として有効かどうかには疑問があります（重症だけ識別できてもね、という思いがあるからです）。診断というよりもCOVID-19の病態解明に寄与しそうに思います。回復しても健常者と同じレベルには回復していないというのは、COVID-19の後遺症の重さが関係しているのでしょう。
IGLV1-40: 重症のCOVID-19で14倍増加
FKBP1A: 重症のCOVID-19で13倍増加
LUNA: 重症のCOVID-19で37倍増加
PARK7: 重症のCOVID-19で7倍増加
CD9: 重症のCOVID-19で1/12に減少
EGF: 重症のCOVID-19で1/25に減少
MME: 重症のCOVID-19で1/18に減少
CUBN: 重症のCOVID-19で1/19に減少
Amsterdam UMCらのグループは、膵管腺癌で発生する異常な糖鎖修飾、とりわけシアル酸修飾に着目し、膵管腺癌の免疫反応の抑制メカニズムについて研究しています。
https://www.nature.com/articles/s41467-021-21550-4.pdf
膵管腺癌の周辺には、線維性間質細胞と免疫反応抑制的な骨髄系細胞群（樹状細胞、マクロファージなど）が存在しています（TMEと呼ばれる）。膵管腺癌で発生する糖鎖修飾異常については、Syalyl LewisA, Sialyl LewisX, O型糖鎖の刈込、多分岐N型糖鎖とフコース修飾らの発現が上昇し、癌の増殖や浸潤と相関関係があることは既に指摘されています。しかしながら、これらの糖鎖修飾の変化と免疫細胞とのリンクについては不明な点が多々残っています。
著者らは、癌でしばしばみられるα2-3 Sia修飾の高発現に着目し、免疫細胞群とのリンク、および膵管腺癌の病態との関係性を深堀しています。TMAを構成する骨髄系細胞群の構成は、健常組織と膵管腺癌では大きく異なっており、膵管腺癌では、単球由来マクロファージ (moMac), 単球由来樹状細胞 (moDC)が大半を占めています。しかも、moMacがmoDCに比べて増加すると膵管腺癌の生存率が低下し、他の骨髄系細胞群は生存率と相関を示さないことが分かりました。
高発現したα2-3Siaは、骨髄系細胞群に発現しているSiglec-7, Siglec-9と結合し、CD206の発現上昇とともに、単球のmoMacへの分化を促進することが示されました。更に、この変化は、免疫抑制的に機能する免疫チェックポイント分子であるPD-L1の発現上昇や免疫抑制的なサイトカイン（IL-10）の分泌を促すことも示されました。
University of California, San Franciscoらのグループは、2020年11月から2021年1月にかけて、サンフランシスコ・ベイエリアでの新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）の変異状況をアップしています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7941666/
ベイエリアでは、B.1.427、B.1.429変異株が多いようです。下図を参照してください（L452R, S13I, W152Cが主な変異となっているようです）。なお、これら変異株の特性の違いについては、今後の課題です。
University of Pennsylvania Perelman School of Medicineのグループは、新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）に対するPfizer (BNT162b2) ／Moderna (mRNA-1273) ワクチン投与後の縦断的評価結果を報告しています。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7941668/
つまり、過去にSARS-CoV-2にかかった人は、ワクチン接種は１回でも良さそうで、未経験の人は必ず２回接種は受けるべきですね。
名古屋大学らのグループは、Siglec-7のカウンター受容体を同定したようです。
https://www.jbc.org/article/S0021-9258(21)00251-9/fulltext
Siglec-7はシアル酸を認識し、主にナチュラルキラー(NK)細胞上に発現しており、癌細胞上のリガンドに反応すると免疫抑制的に作用することが知られていました。しかし、Siglec-7の受容体には完全には同定されていませんでした。著者らは、K562細胞からFc-融合Siglec-7、diSia-dextran polymerを用いて受容体を精製し、MSによりSiglec-7のカウンター受容体がleukosialin (CD43) であることを確認しました。さらに、K562細胞に対するNK細胞の細胞毒性は、シグレック-7依存的にleukosialinの過剰発現によって抑制されることを示しました。
Harvard Univ.とEmory Univ.のグループは、ABO(H)血液型とSARS-CoV-2の相互作用について報告しています。
https://ashpublications.org/bloodadvances/article/5/5/1305/475250/The-SARS-CoV-2-receptor-binding-domain
SARS-CoV-2のNTDには、ガレクチン様構造が存在することから、ABO(H)血液型抗原に結合する可能性があることが示唆されていました。著者らは、糖鎖アレイを用いて検証した結果、呼吸器系の上皮細胞に発現するA血液型TypeI（血液型A抗原TypeI）に結合することを確認しました。
University of Ferraraらのグループは、新型コロナウイルス（COVID-19）にて急性呼吸不全（ARDS）を発症しICU治療を受けざるを得なくなった患者と、その他従来のARDS患者との間におけるマーカーの違いを報告しています。
https://ccforum.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13054-021-03499-4
終末糖化産物受容体（RAGE）、Angiopoietin-2 (Ang-2)、可溶性intercellular adhesion molecule-1 (ICAM-1)、可溶性vascular cell adhesion molecule-1 (VCAM-1)、E-Selectin、P-Selectinが比較されています。
アンジオポエチンは、脈管形成あるいは血管新生を促進する糖タンパク質であり成長因子、
ICAM-1は、免疫系の細胞間相互作用を司る接着分子の一つであり、活性化リンパ球の血管内皮細胞への結合に関与、
VCAM-1は、血管内皮細胞上に発現する接着部分子であるが、未刺激の血管内皮細胞上に殆ど存在せず、IL-1やTNFのような炎症性サイトカインの刺激によって初めて誘導される、
E-Selectinは、血管内皮のリンパ球接着分子、
P-Selectinは、血管内皮および血小板表面のリンパ球接着分子、であります。
COVID-19では、RAGEはほとんど関係しておらず、ARDSがウイルス感染由来であることを示します。COVID-19では、Ang-2, ICAM-1, BVCAM-1, E-Selectinらが上昇（P-Selectinは逆に減少）することから、COVID-19のICU患者では、血管内皮が大きなダメージを受けていることが示唆されます。
